Пограничному ведомству независимого Туркменистана досталась хорошо оборудованная в инженерно-техническом отношении линия государственной границы с Ираном и Афганистаном с развитой инфраструктурой пограничных войск (погранзаставы, погран- комендатуры, погранотряды и разведывательные погранпосты), а также ряд частей обеспечения.

Из российских пограничников в стране до 1999 г. оставалась Оперативная группа Федеральной пограничной службы (ОГ ФПС). Ее малочисленный аппарат выполнял советнические и учебные функции, задачи связи, координации, взаимодействия и создания оперативных позиций. ОГ ФПС работала на основе заключенного в декабре 1993 г. российско-туркменского договора "О совместной охране государственной границы Туркменистана и статусе военнослужащих Пограничных войск Российской Федерации на территории Туркменистана". В 1999 г. пограничное сотрудничество было неожиданно быстро и полностью свернуто – по инициативе руководства Туркменистана.

Последние российские пограничники покинули территорию страны в декабре 1999 г. В феврале 2001 г. туркменские пограничники отсутствовали даже на таком протокольном мероприятии, как проходившее в Баку 40-е заседание Совета командующих погранвойсками стран-участниц СНГ.

В 1998 г. ГПС удалось существенно повысить свое влияние за счет расширения полномочий, увеличения штата и бюджета. В соответствии с Постановлением Президента Туркменистана № 3687 от 30 апреля 1998 г. ГПС было предоставлено право таможного досмотра товаров и иных предметов, перемещаемых через таможенную границу Туркменистана, ранее бывшее исключительной прерогативой Государственной таможни Туркменистана. Для осуществления таможенного досмотра товаров и иных предметов, перемещаемых через таможенную границу Туркменистана, а также совместного патрулирования на таможенной границе Туркменистана вне мест расположения таможенных постов численность военнослужащих ГПС была увеличена, причем за счет сокращения численности сотрудников таможенных органов.

На иранском и афганском направлениях ГПС требовалось только поддерживать и развивать инфраструктуру. Впрочем, ГПС не вполне справлялась с этим из-за проблем с компетентностью и коррупции. Однако совершенно новая обстановка сложилась на превратившейся в государственную бывшей советской административной границе с Казахстаном и Узбекистаном.

Начиная с 1991 г. долгий период времени туркмено-узбекская (1621 км) и туркмено-казахская (380 км) границы были фактически неохраняемыми, за исключением пунктов пограничного контроля на основных трассах. Это было связано с существованием в то время безвизового режима перемещения граждан государств СНГ. Ситуация изменилась в самом конце 1990-х гг. Обстановка стала меняться после первого вооруженного инцидента на туркмено-узбекской границе в декабре 1998 г., в ходе которого погибли три сотрудника туркменских правоохранительных органов. Предполагается, что это была попытка проникнуть вглубь страны исламских оппозиционеров из Узбекистана. В сентябре 1999 г.

при задержании в Ташаузе исламистов из Узбекистана один из них подорвал себя гранатой в центре города. По неподтвержденным данным, еще один случай вооруженного сопротивления при задержании исламистов из числа этнических узбеков имел место в Дашогузском велаяте в мае 2000 г. Все это вывело С. Ниязова из себя. На расширенном заседании Кабинета министров 15 июня 2000 г. он потребовал "незамедлительно положить конец участившимся нарушениям государственной границы". Срочно были созданы 11 новых пограничных постов в Ташаузском (Дашогузском) велаяте и 10 в Лебапском. Штат погранвойск был увеличен на 500 человек.

В конце 2001 г. было создано 3 новых погранотряда. Два (в Кушке и Койтендаге) усилили прикрытие афганской границы. Третий был сформирован на казахско-туркменской границе: его управление и штаб размещены в пос. Бекдаш Балканского велаята.

Предположительно общая численность подразделений ГПС составляет около 12 тыс. человек, разбитых на 12 погранотрядов. В табл. приведен перечень погранотрядов Туркменистана.

В отличие от ряда других постсоветских государств туркменская ГПС сохранила традиционное советское оргштатное деление: заставы и контрольно-пропускные пункты (пункты пропуска) в низовом звене, комендатуры – в промежуточном, пограничные отряды и отряды погранконтроля – высшие формирования. Если на обустроенной старой советской границе туркменские пограничники просто заняли строение и использовали охранные сооружения после вывода в РФ российских отрядов, то новые отряды на узбекской и казахской границах были созданы в первую очередь как отряды пограничного контроля (в составе постов и пунктов пропуска). Они не имеют развитых инженерных сооружений, линий и средств связи (в том числе скрытых и рокадных параллельно линии госграницы), испытывают недостаток транспортных средств. Именно на новые участки направляется техника и оснащение, безвозмездно передаваемые США, РФ и ООН.

В составе погранвойск действует отдельный дивизион пограничных сторожевых кораблей и катеров, дислоцированный в Туркменбаши (Красноводске). Он осуществляет минимальную пограничную береговую охрану. По этой линии Туркменистан некоторое время сотрудничал с Россией: были сообщения, что в 1990-е гг. морская граница с Ираном охранялась двумя сторожевыми кораблями со смешанными российско-туркменскими экипажами.

Показательны действия ГПС после покушения на Ниязова в 2002 г. Сразу была усилена охрана госграницы в приграничном с Узбекистаном Ташаузском велаяте: часть пограничных пунктов пропуска была закрыта, некоторые подразделения Вооруженных сил приведены в боевую готовность. Последнее полностью соответствует советским взглядам на взаимодействие пограничников и армии, из чего можно предположить, что туркменские оперативные планы для ВС и ГПС в значительной степени повторяют советскую логику. Реакция узбекского руководства на это была довольно нервной (поскольку среди прочих версий покушения фигурировал "узбекский след"). Близ города Туркменабад (Чарджоу) на сопредельной территории начались учения узбекских внутренних войск для "подготовки полицейских к возможному нападению крупных преступных группировок, которые могут находиться в пустынных районах Каракумов в приграничной с Узбекистаном территории".

В 2004 г. произошло новое ужесточение пограничного режима с Узбекистаном, имевшее на сей раз экономическую подоплеку.

С. Ниязов потребовал усилить охрану государственной границы с Узбекистаном, подверг критике силовиков, допускающих незаконную продажу за рубеж нефтепродуктов и других товаров, в которых остро нуждается население страны, и распорядился закрыть ряд пограничных переходов.

Руководители:

АЛОЛОВ Байрам Атаевич (1969) - ген.-майор /разжалован/,
врид. с 2.11.2006-
начальник Государственной пограничной службы – главнокомандующий пограничными войсками (24 февраля 2007 - 21 января 2009);
ИСЛАМОВ (ЫСЛАМОВ) Мурад (Мырат) Исламович (1965), ген.-лейт.
начальник Государственной пограничной службы РТ - командующий Погранвойсками РТ (21 янв. 2009 - 2 марта 2016)
ГУНДОГДЫЕВ Бегенч - начальник Государственной пограничной службы РТ - командующий Погранвойсками РТ (2 марта 2016-