Родился в 1947 (по другим данным в 1944 г.) в кишлаке Вартабоз (Вартапур) уезда Имамсаиб провинции Кундуз (по другим данным в провинции Газни, незадолго до перезда семьи в Кундуз). Пуштун племени харути гильзайского племенного союза. Отец - крупный землевладелец.

Окончил начальную школу в Имамсаибе (1956-61), учился в Кабульской военной школе (1956-61) - исключен, окончил Кундузкий лицей "Имамсахиб" (1964-70), учился на инженерном факультете Кабульского университета (1970-72) - исключен.

Вошел в кружок исламистов. действовавший в Университете, один из создателей организации "Мусульманская молодежь".
По некоторым данным около 4-х лет состоял членом Народно-демократической партии (НДПА).
В июне 1972-начале 1974 - арестован, сидит в тюрьме по обвинению в убийстве во время стычки студентов члена маоистской студенческой организации студентов С.Сохандана. Также подозревали в акте облития серной кислоты европейски одетой женщины в здании университета - вина не доказана.
В 1974 - освобожден и выехал в Пакистан, где тут же участвовал в вооруженном восстании пуштунских традиционалистов.
В 1975 - 1978 и с декабря 1978 - эмир (руководитель) Исламской партии афганистана (ИПА). Выступает как против "коммунистов" так и реставрации короля Захир-шаха, сторонник "исламского правления".
В 1985 - его партия вошла в т.н. "Альянс Семи" (союз крупнейших организаций моджахедов).
В марте-августе 1989 - министр иностранных дел, созданного в Пешаваре (Пакистан) "правительства моджахедов". Сам отказался от поста из-за противорнчий с другими лидерами.
В 1992-93 - не признал правительства С.Моджаддеди, безуспешно пытался взять Кабул. (однов время в союзе с узбекским генералом Дустумом).
В марте 1993 - подписал соглашение с новым президентом Б.Раббани, в соответствии с которым прекратил войну и получил пост премьер-министра (до января 1994).
В 1994 - вновь начал войну с правительственными войсками.
В июне 1996 - вновь получил пост премьер-министра в обмен на прекращение огня.
В 1996-97 - большая часть его отрядов разгромлена талибами, бежал в Иран.
Продолжает оставаться лидером Исламской партии Афганистана/ "Хезб-э-ислами", в 2001 году объявил о джихаде против американцев и прочих "миротворцев", не признает правительство Х.Карзая.
В декабре 2005 г. правительство Х.Карзая официально зарегистрировало Исламскую партию Афганистана/ "Хезб-э-ислами" во главе с Халидом Фаруки, который объявил о низложении Хекматьяра с партруководства, с чем сам Хекматьяр не согласился.

В сентябре 2016 года Х. и власти Афганистана заключили мирное соглашение, которое предусматривает амнистию в отношении него и его боевиков в обмен на поддержку афганской конституции и обещание расформировать боевое крыло своей организации.

В 05.2017 вернулся в Кабул. Продолжает возглавлять группировку "Хезб е-Ислами" - второе по величине военизированное формирование в стране.

Баллотировался в президенты страны в 2019 году и занял 3 место (председатель Исламской партии Афганистана Гулбеддин Хекматяр - 70 243 голоса (3,85%),

лидер Исламской партии Афганистана (ИПА) (на 2021)

с 15 августа 2021 - после бегства президента А.Гани, один из трех членов созданного в Кабуле "Координационного совет" (Абдулла Абдулла, Хамид Карзай и Гульбеддин Хекматияр). Карзай заявил, что цель совета - "предотвращение хаоса и уменьшение страданий людей", а также "лучшее управление делами, связанными с мирной передачей власти" Талибану.

Женат. Три сына и четыре дочери.

Ярый пуштунский националист. Ему принадлежит фраза - "Я сначала пуштун и уже потом - мусульманин".