Родился в с. Шекер Кара-Бууринского (Киpовского) района Таласской области Кыргызской Республики. Отец - Торекул Айтматов - видный партийный работник советской Киргизии, 2-й секретарь ЦК Компартии Киргизии, расстрелян в 1938 году как "враг народа".

В 1953 году окончил Киргизский сельхозинститут им. Скрябина, специальность ученый-зоотехник. В 1958 г. окончил Литературный институт, г. Москва.

1942-1944 Секретарь Шекерского сельсовета Кара-Бууринского района
1944-1946 Налоговый агент Кара-Бууринское РайФо Таласской области
1946-1948 Учащийся Зооветтехникума г. Джамбул
1948-1953 Студент Киргизского сельхозинститута им. Скрябина
1953-1956 Старший зоотехник КирНИИЖВ
1956-1958 Слушатель Высших литературных курсов, г. Москва
1958-1960 Главный редактор журнала "Литературный Кыргызстан"
1960-1965 Собственный корреспондент газеты "Правда"
1965-1986 Председатель Правления союза писателей Киргизии
1986-1990 Главный редактор журнала "Иностранная литература"
Маpт - октябpь 1990 - член Пpезидентского совета СССР

Депутат ВС СССР 7-11 созывов, наpодный депутат СССР (1989-91 гг.).
1990-1993 Чрезвычайный и Полномочный Посол СССР/Российской Федерации в Бельгии
1993-март 2008 - Чрезвычайный и Полномочный Посол Кыргызской Республики в Королевствах Бельгии, Нидерландах, Герцогстве Люксембург, во Французской Республике, постоянный представитель Кыргызской Республики в НАТО и ЮНЕСКО.

С 14 апреля 2008 - независимый член Совета Директоров АО "БТА Банк", Казахстан

Был депутатом Жогорку Кенеша в 1995-2000 годах.

Награжден двумя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденом Дружбы народов, Манаса 1-й степени, "Дустлик" (Узбекистан), детским орденом Улыбки Польши, медалью Н. Крупской.
Лауреат Ленинской, Государственной премий СССР и Кыргызской Республики, Герой Социалистического Труда ССР, Герой Кыргызской Республики (1997); премией журнала "Огонек", Академической премией Токийского Института восточной философии, Международной премией Средиземноморского центра культурных инициатив Италии, премией Американского религиозного фонда "Призыв совести", Баварской премией им. Ф. Рюккарта, премией "Руханият", почетной премией культуры им В. Гюго.

Академик НАН Кыргызской Республики.
Присвоено звание "Народный писатель Кыргызстана"", академик Всемирной академии наук, искусства с центром в Стокгольме, учреждена Золотая медаль и создан Международный Фонд им. Ч. Айтматова.
Почетный член Академии Художеств России (ноябрь 2004), лауреат Международной премии с вручением золотой медали "За вклад в развитие Содружества Независимых Государств" (высшая общественная награда СНГ, учреждена Евразийской академией телевидения и радио) (ноябрь 2004).
С 3 декабря 2004 - почетный президент Международного антитеррористического Медиафорума (МАМФ).

Произведения Ч. Айтматова переведены более чем на 100 языков мира, многие из них были экранизированы.
В 1993 году в г. Бишкеке организована Международная общественная Айтматовская Академия.

Четверо детей. Три сына и дочь.
Дочь закончила университете в Нью-Йорке. Самый младший сын - Эльдар, заканчиает университет в Брюсселе.

Умер в клинике гор. Нюрнберг, Германия, от воспаления легких.