Родился в городе Ашхабад, туркмен.
Внук Хивали Бабаева, входит в китзил-арватский клан Бабаевых.
Окончил Туркменский политехнический институт по специальности "инженер-геолог" (1978).
В 1978-80 - служил в СА.
В 1980 - инженер-геолог Ашхабадской методической экспедиции.
В 1980-83 - зав. сектором Ашхабадского обкома ЛКСМ.
В 1983 - Председатель Бюро международного молодежного туризма "Спутник" Ашхабадского обкома ЛКСМ.
В 1983-85 - главный диспетчер Управления строительства МВД ТССР.
В 1985-87 - начальник СпецСМУ Упраления Строительства МВД.
В 1988-90 - Зам. председателя Ленинского РИК г. Ашхабада.
В 1990-92 - Зам. председателя Ашхабадского ГИК.
В 1993 - зам. хякима г. Ашхабада.
В 1993-95 - хяким этрапа им. Президента Ниязова г. Ашхабада.
В 1995-96 - зам. управляющего делами аппарата Президента Туркменистана.
В 1996-97 - хяким Кизыларватского этрапа.
C 1997-30 июня 1999 - хяким Балканского велаята.
С 30 июня 1999-15 мая 2000 гг. - министр сельского и водного хозяйства.
С 15 мая 2000 - председатель Ассоциации акционерных обществ по производственно-техническому обслуживанию сельского хозяйства "Туркменобахызмат".
Кавалер медали "За любовь к Отечеству".
Бабаева Сердара Мятиевича от обязанностей заместителя Председателя Кабинета Министров Туркменистана - министра сельского и водного хозяйств Туркменистана за неудовлетворительное выполнение должностных обязанностей и использование служебного положения в личных целях (6 июня 2000).