Род. в г. Бухара. Отец - родом из таджикского села Багиафзал Шафирканского района Бухарской области. Родители - преподаватели ташкентских вузов.

с детства жил в г. Ташкент, где окончил среднюю школу. В 1984 году окончил арабское отделение факультета востоковедения Ташкентского государственного университета. В армии не служил благодаря вузовской военной кафедре. Владеет узбекским, таджикским, арабским и английским языками.

В 1984-1986 годах работал в Ливии переводчиком группы советских военных советников и специалистов Главного инженерного управления ГКЭС СССР, занимавшегося поставками вооружений. Работал по линии Министерства внешнеэкономических связей СССР[3]. В 1986-1988 годах - переводчик группы советских военных советников в Ираке (в Управлении строительства военных объектов иракского генштаба). В 1988-1990 годах работал на средних руководящих должностях в Государственной акционерной компании "Узбекинторг" в Ташкенте - монопольной в тот период компании, торговавшей на внешнем рынке хлопком.
К этому времени познакомился с двумя известными ташкентскими "цеховиками" - братьями Львом и Михаилом Черными. Последние, опираясь на поддержку криминальных кланов, работали с достаточно крупными капиталами, постепенно переходя от выпуска ширпотреба к более серьезному "сырьевому бизнесу". Позднее Махмудов переехал в Москву, где начал сотрудничать в "алюминиевом бизнесе" братьев Черных, входил на правах младшего партнера в менеджмент зарегистрированной в Лондоне компании братьев Trans World Group (англ.)рус. (TWG).
В 1991 по июнь 1994г. - заместитель директора по маркетингу АО "Алис".
С июля 1994 по февраль 1996г. - директор АОЗТ "Промышленно - Финансовая Компания "Мета Сервис".
С февраля 1996г. - генеральный директор АО "Гайский горно - обогатительный комбинат", совладелец АКБ "Саяны".
Контролирует Нижнетагильский металлургический комбинат, Качканарский и Высокогорский ГОКи.
В 1998-1999 годах, при поддержке Михаила Черного, к тому времени расставшегося с братом Львом, создал Уральскую горно-металлургическую компанию (включающую 7 крупных и ряд мелких заводов Урала, "Уралэлектромедь", Среднеуральский медеплавильный завод, Качканарский ГОК и другие предприятия). По данным журнала "Профиль", на начало 2002 года контролировал около 40 % добычи меди в РФ.

В марте 2022 попал под санкции США-ЕС и с 14.03 официально объявлено, что "продал" свой пакет акций УГМК.

В 2012 году Махмудов и его деловой партнер Андрей Бокарев приобрели 13 % собственности в ООО "Трансойл" у Геннадия Тимченко. "Трансойл" является железнодорожным оператором в России. Компания является одним из крупнейших железнодорожных перевозчиков нефти и нефтепродуктов в России.
АО "Трансмашхолдинг", холдинговая компания, принадлежащая частично Махмудову, является производителем подвижного состава для железных дорог и метрополитенов в России. В феврале 2012 года РБК daily сообщил, что "Трансмашхолдинг" через свои вспомогательные службы приобрел 75 % "Желдорреммаша", дочерней компании ОАО "Российские железные дороги", основного игрока на российском рынке ремонта локомотивов.
УГМК является владельцем контрольного пакета акций чешской авиастроительной компании Kunovice Aircraft Industries. (выпускает легкий учебный самолет L-410).
Махмудов владеет 17,5 % акций ООО "Аэроэкспресс" - оператора услуг перевозок по железным дорогам между Москвой и аэропортами Шереметьево, Домодедово и Внуково.В 2011 году "Московская пассажирская компания", находящаяся в собственности И. Махмудова и А. Бокарев, купила 25 % акций ОАО "Центральная пригородная пассажирская компания", которая обеспечивает 56 % всех пригородных перевозок в России.
УГМК является владельцем 100 % акций ресторанного холдинга "Food Service Capital", в который входят "Единая сеть питания", обслуживающая пассажиров поездов "Сапсан", 17 стейкхаусов, 3 рыбных заведения, 6 пивных и 8 бургерных

В российском рейтинге богатейших бизнесменов России, опубликованном в апреле 2021 года журналом Forbes, Искандер Махмудов занимает 19-е место с состоянием 9,7 млрд долларов.

жена (ыторая) - Маргарита Ильдусовна Махмудова. Сын от первого брака - Джахонгир (род. 1987).

сестра - Зилола Махмудова - руководит компанией по строительству мусорного полигона в поселке Филипповское Киржачского района Владимирской области, что вызывает бурный протест местных жителей (с 2017 г.).