Родился в г. Старая Бухара в богатой купеческой семье, отец торговал каракулем, умер в 1912 г. По одним сведениям - узбек племени карлук, по другим - таджик.

После раздела наследства в 1917 году получил дом, земли и 17 тысяч рублей. Учился в мактабе. Образование низшее.
В 1907 семья выехала из Бухары в российский Туркестан. Получил среднее образование.
С 1913 - примкнул к джадидскому движению. В марте 1916 участвовал в антиэмирских беспорядках в Бухаре, за что заочно приговорен к смерти, бежал в Россию. В 1917 входил в партию кадетов.
С начала 1917 - член нелегального ЦК партии младо - бухарцев (член партии с 1916). Пытался организовать в Бухаре демонстрации с требованием конституции и реформ, вынужден бежать спасаясь от ареста.
В конце 1917 г. вновь вернулся в Бухару и вошел в состав Революционного комитета, пытались свергнуть эмира, но были разгромлены, вновь бежит в Туркестан, заочно приговорен к смерти.
В декабре 1917 г. обратился к пред. СНК Туркестана Ф.Колесову с призывом оказать военную помощь для свержения бухарского эмира.
В марте 1918 активный организатор и участник т.н. "колесовского похода" на Бухару. Войскам ТАССР не удалось захватить Бухару и они отступили.
В 1918 по дороге из Ташкента в Москву был арестован по приказу Оренбургского атамана Дутова и посажен в Оренбурге в тюрьму. По освобождении - прибыл в Москву.
С конца 1919 - в Ташкенте, провел объединение младо - бухарской партии с ВКП(б) и готовил Чарджуйское восстание.
С января 1920 - Пред. Центрального бюро партии Революционных младо - бухарцев (до ее вливания в Бухарскую КП в сентябре 1920, член ЦК партии-младобухарцев с 1917).
С 24 июня 1920 - член Военно-революционного бюро по подготовке вооруженного восстания в Бухаре.
С 10 августа 1920 - член Временного революционного комитета Бухары - председатель Совета народных назиров. (образовано в Ташкенте накануне интервенции в Бухару).
C 25 августа 1920 - член Военно-революционного центра (образован Турккомиссией и Туркбюро) для руководства "бухарским восстанием". Входили всего три человека - В.Куйбышев, Ф.Ходжаев, Н.Хусаинов.
В сент.1920-декаб. 1924 - пред. СНН (совета народных назиров) Бухарской Народной Советской Республики. Глава "центристской группировки" внутри БКП. Одновременно - пред. Совета Труда и Обороны (СТО) Бухарской НСР.
Пред. Ревкома по образованию Узб.ССР (нояб. 1924 - февр. 1925).
Одновременно - член Реввоенсовета Бухарской группы войск (воевал против Энвер - паши).
Член (1922-23) и Пред. Реввоенсовета Восточной Бухары (1923).
С 13 февраля 1925 - член Исполнительного Бюро ЦК КП Узбекистана.
Пред. СНК УзбССР (февр.1925 -1937).
+ с 02.1927 - член Временного президиума Всеосоюзного комитета ново-тюркского алфавита.
+ пред. ЭКОСО УзбССР (03.1927 -

Сопредседатель ЦИК СССР (с мая 1925-1937).

Член Туркестанского бюро ЦК ВКП(б) (декаб. 1921-май 1922), Средазбюро ЦК ВКП(б) (май 1922 -
Член Президиума ЦИК Узбекистана (с 1925-37).
Одновременно, в сент. 1925-июне 1926 - член РВС Туркестанского фронта и уполномоченный Наркомвоенмора СССР по Узбекистану.

Кавалер орденов "Ленина", "Красного Знамени" и "Красной Звезды 1-й ст." БНСР.

Член ЦИК СССР 3-7 созывов.

автор: Ходжаев Ф. К истории революции в Бухаре и национального размежевания в Средней Азии. Ташкент ГосиздатУзССР 1932г. 190 с.;
О младо-бухарцах//журнал Историк-марксист, №1, 1 М. Изд. Комакадемии 1926

О нем М.Чокай - "человек абсолютно невежественный во всех вопросах, кроме разве вопросов "мировой социальной революции"" (Чокай М. Туркестан под властью советов// Сост. Аккошкаров Е. Из истории казахов. Алматы, "Жалын", 1997, с. 439).

На открытом процессе вместе с А.Икрамов дали чудовищные признательные показания - готовил отделение Узбекистана от СССР, при помощи Англии, занимался вредительством в сельском хозяйстве, готовили взрывы плотин, террористические акты и т.д.

Арест. 9.07.(по другим данным 17.06) 1937. Приговорен ВКВС СССР 13.03.1938 по обв. в участии в к. - р. террористической организации (Бухаринский процесс).

Расстрелян 15.03.1938.
Реабилитирован 6.03.1965.

Его брат - Ходжаев Азиз-Хан, 1905 г. р., уроженец г. Бухара Узбекской ССР, узбек, б. член ВКП(б), служащий, брат председателя СНК Узбекской ССР Ф. Ходжаева. Коллегией ОГПУ 20 октября 1932 г. осужден по ст. 58-6 УК РСФСР на 5 лет ИТЛ. Отбывал наказание в Соловецкой тюрьме. Особой тройкой УНКВД ЛО 25 ноября 1937 г. приговорен по ст. ст. 58-6-11 к высшей мере наказания. Расстрелян в г. Ленинград 8 декабря 1937 г.