Родился в Душанбе. Работал помощником режиссера на киностудии "Таджикфильм", был корреспондентом радио и телевидения. В 1989 году он окончил Всесоюзный государственный институт кинематографии, где занимался в мастерской И.Таланкина. Свой первый фильм, короткометражку "Шутники", он снял в 1985 году. Дипломной его работой стала среднеметражная картина "Веришь - не веришь", а дебютная его лента "Братан", снятая в 1991 году, демонстрировалась на нескольких кинофестивалях и была удостоена Гран-при в Мангейме. Поставленный режиссером фильм "Кош ба кош" получил на Венецианском кинофестивале "Серебряного льва" и был выдвинут на соискание премии "Феликс" по номинации "Лучший молодой фильм". Большой зрительский интерес вызвала картина "Лунный папа", в которой Бахтиер Худойназаров собрал интернациональный актерский коллектив, а на главную роль, Мамлакат, пригласил одну из самых ярких молодых российских актрис - Чулпан Хаматову.