Родился в г. Фрунзе. Кыргыз. Сын известного киргизского поэта Джоомарта Боконбаева (1910-44), автора сборников лирических стихов и поэм, текста музыкальных драм "Токтогул" и "Золотая девушка" (обе 1939), оперных либретто. Его отчимом был - Адышев Муса (1915-1979), ученый, академик.

Окончил Москвоский геолого-разведочный институт (1963), аспирантуру Института геологии АН Киргизской ССР (1968).

Доктор геолого-минералогических наук (1993), специалист в области петрологии и минералогии. Член Международной Академии информатики. Член-корреспондент Национальной Академии Наук КР.

В 1963-65 - инженер-геолог в поисково-съемочных партиях Управления геологии при СМ Кирг.ССР.

В 1965-95 - аспирант, инженер, младший научный сотрудник, старший научный сотрудник, зав. лабораторией, зам. директора Института геологии АН Кыргызстана

В 1995-96 - и.о. пред. Госкомитета по охране природы.

С 1996- декабрь1998 - министр охраны окружающей среды (переутвержден в этой должнсоти в новом правительстве 4 апреля 1998).

В настоящее время - профессор факультета экологии и менеджмента Бишкекского гуманитарного Университета.

Награжден орденом "Знак Почета", Почетной грамотой Верховного Совета КиргССР и Почетной грамотой Кыргызской Республики (1993). Заслуженный деятель науки КР.

Автор трудов: "Минералогия и геохимия герцинских гранитов Северной Киргизии (в соавт.), Фрунзе, "Илим", 1983.
"Эволюция магматизма Средней Азии"(в соавт.), Москва, "Наука", 1986.

Сестра - Боконбаева Сырга Джоомартовна (1941 г.р.) доктор медицинских наук (1995), профессор Киргизского Государственного Медицинского института. Специалист в области акушества и гинекологии.

Жена - Болджурова Ишенгуль (1951 г.р.) - ректор Бишкекского гуманитарного университета.