Род. в колхозе "1-е Мая" Каpкаpалинского р-на Карагандинской обл. Женат, имеет двоих сыновей.

Оконч. Аpмавиpское высшее военное авиационное училище летчиков (1969 г.), Школу летчиков-испытателей Министерства авиационной промышленности СССР (1976 г.), Московский авиационный институт (1979 г.), Центр подготовки космонавтов (1991 г.), летчик-инженер, инженер-аэрогидродинамик, летчик-космонавт, доктор технических наук (тема диссертации: "Спутные следы и их воздействие на летательные аппараты: математическое моделирование", 1998 г.), профессор Кокшетауского университета (1997 г.). Генерал-майор авиации (март 1992 г.).

Трудовую деятельность начал токарем Темиpтауского литейно-механического завода (1962-65 гг.); после окончания училища служил летчиком, командиром звена, штурманом – зам. командира авиационной эскадрильи ВВС СССР (1969-75 гг.); летчик-испытатель, слушатель ШЛИ (1975-76 гг.); летчик-испытатель Улан-Удэнского авиационного завода (1976-77 гг.); летчик-испытатель ОКБ им. А. Микояна, ЛИИ им. М. Громова (1977-91 гг.). В 1989 г. впервые в мире взлетел с трамплина на авианосце "Тбилиси" на самолете МИГ-29К. В 1991 г. прошел курс общекосмической подготовки Центра подготовки космонавтов им. Ю.А. Гагарина. 2-10 окт. 1991 г. совершил космический полет на корабле "Союз ТМ-13" и станции "Мир" в качестве космонавта-исследователя международного советско-австрийского экипажа.
Первый зам. председателя Государственного комитета обороны РК (март – авг. 1992 г.); первый зам. министра обороны РК (авг. 1992 г. – янв. 1993 г.); ген. директор Агентства космических исследований – зам. министра науки и новых технологий РК (янв. – фев. 1993 г.); ген. директор Hационального аэрокосмического агентства РК (фев. 1993 г. – март 1994 г.); председатель Комитета Веpховного Совета РК по обороне и национальной безопасности (апр. 1994 г. – март 1995 г.); помощник Президента РК (апр. 1996 г. – апр. 1997 г.); советник Президента РК (апр. 1997 г. – апр. 2000 г.); зам. секретаря Совета безопасности РК (апр. 2000 г. – июнь 2001 г.).

С мая 2012 - советник президента национальной компании "Қазақстан Темiр Жолы".

Депутат Веpховного Совета РК 12-13-го созывов.

Герой Советского Союза (за мужество и героизм, проявленные при испытаниях новейшей авиационной техники) (1988 г.), Халык кахарманы (Hародный герой) (1995 г.), заслуженный летчик-испытатель СССР, летчик-космонавт СССР (1991 г.) и РК (1994 г.), награжден орденами Ленина, Октябрьской Революции, "Знак Почета", "Золотой крест" (1993 г., Австрия), заслуженный мастер спорта РК, почетный гражданин гор. Кокшетау.

13 октября 2004 в Казахстане вышла в свет книга Талгата Суюнбая "Первый казахский космонавт Токтар Аубакиров".

Жена - Татьяна Михайловна - работала инженером-программистом в испытательном центре в Подмосковье. Сыновья: Тимур и Михаил