Родился в селе Янгала Геоктепинского этрапа.

В 1983 году окончил Туркменский государственный университет по специальности математик. Кандидат технических наук.

Трудовую деятельность начал в 1983 году старшим техником Института сейсмологии Академии наук Туркменистана, затем с 1985 по 1991 годы являлся инженером, аспирантом, младшим научным сотрудником Научно-производственного объединения "Гюн" АН Туркменистана. С 1991 года по 1992 год - старший научный сотрудник Института математики и механизации АН Туркменистана. В 1992 году Я. Какалыев переходит на работу старшим научным сотрудником НИИ гидротехники и мелиорации Туркменистана. С 1993 по 1996 годы работает в подразделениях Акционерно-коммерческого банка "Туркменистан" - плановиком Абаданского отделения, начальником компьютерного отдела Ахалского велаятского отделения, управляющим Ашхабадским этрапским отделением. В 1996 году переведен на работу в Акционерно-коммерческий банк "Инвестбанк" Туркменистана, где до 1997 года является председателем Ахалского велаятского управления, затем заведующим операциями в головном банке. С 1997 по 1999 годы Язгулы Какалыев - управляющий Абаданским отделением Государственного коммерческого банка Туркменистана. В 1999 году назначен заместителем председателя правления "Инвестбанка". С 2000 года он работает заместителем председателя правления Государственного коммерческого банка "Туркменбаши", а в 2002 году назначается заместителем министра экономики и финансов Туркменистана.

С 15 ноября 2002 - министр экономики и финансов с испытательным сроком 6 месяцев и в случае неудовлетворительного исполнения им служебных обязанностей освободить его от занимаемой должности без предоставления другой работы.
Одновременно, с февраля 2003 - директор Государственной службы по иностранным инвестициям при Президенте - управляющий Азиатским банком развития от Туркменистана и национальный координатор по международной технической помощи.
Одновременно - председатель правления Государственного коммерческого банка Туркменистана "Халкбанк".

Уволен со всех государственных должностей 23 апреля 2004 г. с формулировкой "за серьезные недостатки, допущенные в работе".

Награжден медалью "Gayrat".