Родился в селе Чоктал Иссык-Кульского р-на. Кыргыз. Отец - Саламат Каптагаев (1927 г.р.), мать - Айнакан Абыкеева (1932 г.р.).

Окончил механико-математический факультет Киргизского Государственного университета (1980). Кандидат физико-математических наук (1990). Автор более 20 научных работ.

В 1980-91 - инженер, младший научный сотрудник Института математики АН КиргССР.
Одновременно, в 1987-94 - депутат Ленинского районного совета г. Фрунзе/Бишкека. В 1988-90 - руководитель секции молодых ученых АН КиргССР.
В 1991 - главный специалист Государственной Комиссии по делам молодежи, помощник 2-го секретаря ЦК КПК.
В 1991-92 - нач-к отдела Государственного Контрактного комитета КР.
В 1992-93 - консультант Министра торговли и материальных ресурсов КР.
В 1993-94 - зав. отделом социально-политического анализа и прогнозирования Аппарата Правительства КР.
В 1994-96 - советник Премьер-министра КР.
С марта 1996 - 1999 - пред. Государственной Комиссии при Правительстве КР по делам религий.
С 1999 - ???? - 1-й зам. губернатора Иссык-Кульской области.
С 19 января 2001- 2002 - вновь 1-й зам. губернатора Иссык-Кульской области.
Одновременно, с 25 мая 2002 - член Общественного наблюдательного совета при Государственной телерадиовещательной корпорации Кыргызской Республики.
Одновременно - Заместитель председателя Совета Ассамблеи народа Кыргызстана (=2002=).
С 25 декабря 2002 - по 9 августа 2004 - глава государственной администрации-аким Джети-Огузского района Иссык-Кульской области Кыргызской Республики.

С августа 2004 года по январь 2006 года - общественно политическая деятельность, с июля 2005 года - председатель Национал-демократической партии "Улуу Биримдик".

С января 2006 года по сентябрь 2007 года – директор генеральной дирекции биосферной территории "Иссык-Куль".

С сентября 2007 года – общественно политическая деятельность, председатель Национал-демократической партии "Улуу Биримдик", директор общественного фонда "Институт перспективных стратегий развития".

С 24 дек. 2008 - член политбюро "Объединенного Народного Движения" КР.

6 апр. 2010 г. задержан СНБ Киргизии, 7 апр. 2010 г. освобожден по требованию оппозиции.

С 11 апр. по 13 июля 2010 - руководитель аппарата - член Временного народного правительства КР.

С 13 июля 2010 - Руководитель Администрации Президента Кыргызской Республики.

С 20 дек. 2010 - 2 дек. 2011 - Руководитель Аппарата Президента Кыргызской Республики.

С нояб. 2012 - советник президента Кыргызстана по межэтническим отношениям

С нояб. 2019 - 03.2021 - директор Института стратегических исследований КР

Награжден Почетной Грамотой Кыргызской Республики и юбилейной медалью "Манас-1000".

Является государственным советником Кыргызской Республики III класса.

Политические взгляды - "сторонник идей социал-демократии".
Прогноз будущего Кыргызстана - "На будущее Кыргызстана и кыргызов смотрю с оптимизмом".
Идеал политического деятеля - "кумиров и идеалов нет".
Религиозные взгляды - "Ценности ислама в сочетании с традиционными верованиями кыргызов".
Литературные пристрастия - "Книги по истории, философии, психологии, социологии, религиозная литература".
Жизненное кредо - "В мире жить - с миром жить".

В 2008 г. против него было возбуждено уголовного дело финполицией за злоупотребление служебным положением в бытность замгубернатора Иссык-Кульской области и руководителем биосферной территории "Иссык-Куль". Следователь финполиции издал постановление о привлечении Э. Каптагаева в качестве обвиняемого по двум статья Уголовного кодекса, но затем дело было замято.

Женат. Жена - Абида Есеналиева (1958 г.р.), математик. Сын - Кубанычбек (1980 г.р.), в 2011 г. рядом кирСМИ обвинен в "хапании больших денег в ходе организации хаджа", и дочери Аида и Айжан (1984 г.р.).