Санжаа Баяр родился в Улан-Баторе в год Огненной Обезьяны (24 декабря 1956 г.).
В 1978 окончил юридический факультет Московского государственного университета.
Работал в районной управе, мэрии Улан-Батора, Генеральном штабе Вооруженных сил Монголии.
Был переводчиком, редактором в информационном агентстве МОНЦАМЭ.
В 1987 назначен заместителем председателя государственного комитета Монголии по информации, радиовещанию и телевидению.
В 1990 избран депутатом Великого государственного хурала Монголии, возглавлял постоянный комитет по государственному строительству.
В 1993-1996 гг. вел научную и преподавательскую работу в Монголии (Академия управления) и США (Jackson School of International Studies, Seattle, WA).
В 1996 году назначен директором Института стратегических исследований при министерстве обороны Монголии.
С июня 1997 г. - глава администрации президента Монголии.
В 2001 г. назначен чрезвычайным и полномочным послом Монголии в России.
Девиз: "Лучше знакомый черт, чем незнакомый ангел".
Женат, имеет четырех дочерей и внука.