Родился в 1892 г. на территории Букеевской орды. В 1916 (1917) г. закончил юридический факультет Казанского университета.
13 марта 1918 г. был избран комиссаром земельно-водного отдела.
7 мая 1918 г. назначен комиссаром по земельным вопросам. В 1919 г. принят в ряды Компартии и направлен в Оренбург, где исполнял обязанности секретаря земельного отдела ревкома, члена коллегии Оренбургской рабоче-крестьянской инспекции, заведующего отделом, председателя исполкома Букеевской губернии.
В октябре 1921 г. решением Казисполкома Ш. Бекмухамедов был назначен комиссаром юстиции. Период деятельности Ш. Бекмухамедова в Наркомюсте охватывает процесс становления Комиссариата, определение методов борьбы с преступностью, создание краевых народных судов, инструктирование трибуналов, позже - проведение судебной реформы, принятие первых советских законов, создание республиканской прокуратуры и адвокатуры.
При Ш. Бекмухамедове был утвержден Казисполкомом Декрет о борьбе со скотокрадством, подготовлены проекты Законов "О прокуратуре", "Об адвокатуре", началось коренное преобразование правоохранительных органов. По Закону "О прокуратуре" обязанности прокурора возлагались на комиссара юстиции. С 1 августа 1922 г. Бекмухамедов исполнял обязанности и прокурора республики.
Ш. Бекмухамедов был инициатором внесения дополнений в законодательство РСФСР - в IX часть Уголовного кодекса РСФСР были введены статьи о наказуемости барымты, кражи невесты, налагался запрет на кун- материальное возмещение за убийство человека, был принят циркуляр о запрете людоедства.
Деятельность Ш. Бекмухамедова на постах наркома юстиции и прокурора республики продолжалась до 15 октября 1922 г.
Бекмухамедов Ш. скончался в 1958 г. в г. Алма-Ате.