Родился в деревне Чауни уезда Зурват провинции Пактия. Пуштун племени гильзай. Сын крестьянина.

Окончил начальную школу в родной деревне, учился в Кабульской военной школе (1959-65), окончил Кабульское военное училище по специальности танкист (1968).

С 1968 - младший лейтенант различных частей в 4-й бронетанковой бригаде (по другим данным - полку).
В 1973 - активный участник госпереворота Дауда, старший капитан.
С 1975 - майор, командир батальона 4-го бронетанковой бригады.
Член Народно-Демократической партии Афганистана с 1973, фракция "Хальк/Народ".
В апреле 1978 - активный участник "саурской революции". Его танк первым подошел к президентскому дворцу, этот танк затем был поставлен в Кабуле в качестве памятника, ныне - снесен.
С 1978 - подполковник, член Революционного Военного совета.
С 1 мая 1978 - заместитель премьер-министра-министр связи.
С 8 июля 1978 - министр внутренних дел.
В 19 марта-1 апреля 1979 - начальник Генерального Штаба.
С апреля 1979 - полковник, министр обороны.
С 28 июля 1979 - министр внутренних дел.
14 сентября 1979 - поддержал Тараки в его противостоянии с Амином, отстранен от должности, перешел на нелегальное положение, советскими спецслужбами вывезен в СССР.
С 10 января 1980 - вновь член Реввоенсовета и его Президиума, член ЦК НДПА.
В январе 1980-88 - министр связи.
С июля 1980 - уполномоченный РВС по зоне "Центр" (провинции Кабул, Бамиан, Парван).
С июня 1981 - член Политбюро ЦК НДПА.
В 15 ноября 1988-марте 1990 - министр внутренних дел.
С 20 февраля 1989 - член "Высшего совета обороны родины".
6 марта 1990-апрель 1992 - министр обороны.
При падении режима Наджибуллы (апрель 1992) перешел на сторону Г.Хекматияра, но вскоре покинул его и перебрался в Россию, затем - на Украину.

Скончался в г. Одессе.

генерал-майор (19 августа 1987), генерал армии (11 марта 1990).

Женат. 8 детей.

По данным генерала армии М.Гареева - "Основным недостатком Ватанджара было то, что его душевность, чрезмерно мягкий характер и доброта мешали ему в полной мере употребить власть, практически организовать и потребовать выполнения поставленных задач. В условиях низкой организованности и беспорядка, существовавших тогда в Афганистане, эти изъяны в характере и методах работы Ватанджара ослабляли управление подчиненными ведомствами и войсками. Но в целом генерал Ватанджар честно и преданно служил своему народу и Республике Афганистан".