Родился в дер. Повинкшня (Павиккшня) Вилкомирского уезда Ковенской губернии. Литовец.
Отец - крестьянин-бедняк, затем рабочий-кочегар Подольского завода АО "Зингер". Мать - Виктория Ивановна.

Окончил ремесленное училище.

С 1904 - проживал с семьей в г.Подольск Московской губернии. Работал подручным токаря, затем - токарь на заводе АО "Зингер" (до 1917).

В 1913 вступил в РСДРП, большевик. Вел партработу в Московской губернии. Неоднократно, но краткосрочно арестовывался.

С марта 1917 - заместитель председателя Подольского совдепа.
В августе 1917 - командирован на тпартработу на Украину.
С 08.1917-01.1918 - токарь завода Мантеля, г. Екатеринослав.
В начале 1918 секретарь Харьковского областного комитета РКП(б).
Член Екатеринославского горкома ВКП(б).
В янв.-марте 1918 секретарь облисполкома Донецко-Криворожского бассейна.
В марте-апреле 1918 - заместитель наркома социального обеспечения Донецко-Криворожской Советской республики.
В апреле 1918 - с войсками отступает из Донецка в Ростов-на-Дону, затем в Симбирск.
С 23 мая 1918 - зам. пред. Симбирского губисполкома.
С июня 1918 - зам. пред. Симбирского губкома РКП(б).
В июле 1918 предпринял решительные и жестокие меры по подавлению выступления левых эсеров, руководил арестом командующего Восточным фронтом М.А. Муравьева и его сторонников. Сам Муравьев был убит при аресте как "оказавший сопротивление", большинство арестованных расстреляны в ближайшие дни. Один из руководителей обороны Симбирска от белочехов.
В июле-сентябре 1918 г., после оставления Симбирска советскими войсками, работал в штабе.
С декабря 1918-1920 - пред. Симбирского губкома партии.
В сентябре 1920-1921 - пред. Витебского губверкома.
В конце 1921-23 зам. пред., пред. Бакинского горсовета - член бюро ЦК и Бакинского комитета КП Азербайджана, член Закавказского краевого комитета РКП (б).
В 08.1923-24 - секретарь Киевского губкома партии.
С 26 февраля-ноябре 1924 - 1-й ответственный секретарь ЦК Компартии Туркестана.
секретарь Среднеазиатского бюро ЦК ВКП(б)???.
В 11.1924-01.1926 - зав. отделом печати ЦК ВКП(б).
В 01.1926-04.1928 - 1-й секретарь Саратовского губкома ВКП(б).
В 04.1928-06.1934 - 1-й секретарь обкома ВКП(б) Центрально-Черноземной области, г. Воронеж.
В июне 1934-марте 1935 - 1-й секр. Воронежского обкома ВКП(б).
В марте 1935 -декаб. 1936 - 1-й секр. Сталинградского крайкома/обкома ВКП(б).
С 15.1.1937 1-й секретарь Дальневосточного крайкома партии.

Делегат 8-10-го, 13-17-го съездов партии.
В 1923-24 кандидат в члены ЦКК. С 1924 кандидат в члены, с 1930 член ЦК ВКП(б). Член ЦИК Туркестанской АССР и ЦК Компартии Туркестана (1924). Член ВЦИК и ЦИК СССР. Член ЦИК ЗСФСР (12.1922-23).

Автор ряда политических статей и брошюр. В том числе "Возможна ли победа социализма в одной стране" (1925), "Хозяйственные и организационно-партийные задачи" (1936) и др.

Награжден орденом Ленина (03.1935).

10.10.1937 арестован. 29.7.1939 приговорен к смертной казни. Расстрелян. В 1956 реабилитирован и восстановлен в партии.

Жена Любовь Григорьевна, инструктор Бакинского горкома партии, также арестована. Сестра жены, ее муж - известный художник Телингатор, иллюстратор книг и журналов, разыскала и забрала из детдома двух детей Варейкиса - Юлию (ок. 1922 г.р.) и Александра. Один малолетний сын к этому времени уже умер.

Братья: Вацлав (1904 г.р.) - член Компартии в 1919-37, исключен за "связь с врагом народа" - братом. В 1919 участник гражданской войны - боев против Колчака на Восточном фронте. В 1929 - участник коллективизации в Тамбовской области. С 1933 - работал в системе МТС в Поволжье и на Украине. С 1944 - проживал на территории освобожденной Литвы, работал на низовой советской работе. В 1949 г. осужден ОСО при НКВД СССР на 10 лет ИТЛ, отбывал в ВоркутЛАГе. Дожил о реабилитации в 1955 г.
Еще один брат - скончался в 36 лет.
Еще один брат - пропал без вести.

Лаппо Д. Д., Иосиф Варейкис, М., 1966.

Из "Воспоминаний" Н.С.Хрущева - "Аресты тем временем продолжались. Я узнал, что арестован Варейкис. Варейкиса я знал по съездам партии как работника черноземной полосы. Он был тогда секретарем крайкома. И вот Варейкис, оказывается, был агентом царского охранного отделения!"