Родился в г. Андижане в семье рабочего хлопкозавода.

В 1900 г. поступил работать на хлопкозавод в г. Кагане (Новой Бухаре), а в 1905 г. уехал в г. Ташкент в поисках работы.

В 1918 г. С. Юсупов вступил в ряды Коммунистической партии Туркестана и на V краевом съезде Советов 30 апреля 1918 г. был избран членом ЦИКа Советов Туркестанской АССР.
V съездом Советов Туркестана С. Юсупов был включен в состав чрезвычайной делегации ТуркЦИКа, направленной в Москву в правительство РСФСР. В состав делегации входили С.П. Килячков, С.В. Теодорович, К.П. Голятовский и В.А. Троицкий. 5 июля 1918 г. делегация прибыла в Москву и была принята В.И. Лениным и Я.М. Свердловым.
С июля 1918 г. по ноябрь 1919 г. С. Юсупов работал в Москве в качестве члена полномочного представительства ЦИКа Советов ТуркАССР при правительстве РСФСР и входил в состав Наркомнаца РСФСР.
В связи с организацией Турккомиссии ВЦИК и СНК РСФСР С. Юсупов выезжает в Ташкент.
В период существования Бухарской НСР занимал должности: члена Всебухарского ревкома, начальника милиции, а затем, заместителя народного назира труда и социального обеспечения (с 15 января 1921 г.), начальника главного управления милиции (с 18 января 1922 г.) и заместителя полномочного представителя БНСР при правительстве СССР (с 14 августа 1923 г. по ноябрь 1924 г.).