Родился в г. Ленинабад, ТаджССР.

В 1979 году окончил Ленинабадский государственный педагогический институт (ныне Худжандский университет). Выпускник Международной школы прав человека, Варшава (1992).

Работал учителем в сельской школе, с 1979 по 1989 годы – научный сотрудник Института истории АН Таджикистана, в 1989-1990 годах – старший эксперт Фонда культуры Таджикистана. В журналистике с 1974 года: ведущий программы "Память прошлого" таджикского ТВ, корреспондент газеты "Комсомолец Таджикистана", радиостанции "Юность", агентства "Associated Press", собственный корреспондент "Независимой газеты", корреспондент "Gazeta wyborzca" (Польша). С 1995 по 1997 - заместитель главного редактора журнала "Центральная Азия" (Швеция). С ноября 2000 года - автор и ведущий программы "Власть и пресса" Радио "Свобода".

В 1993 году – директор московского бюро американского комитета защиты журналистов (CPJ), с 1994 по февраль 2000 годы – руководитель службы мониторинга Фонда защиты гласности. В 1994 – 1997 годы – эксперт по правам человека переговоров ООН по межтаджикскому урегулированию (Тегеран, Исламабад, Кабул, Алматы, Ашхабад).

С февраля 2000 - сотрудник, директор Московского офиса Центра экстремальной журналистики.

После вооруженного конфликта между Россией и Грузией, произошедшего в августе 2008 года, Панфилов принял решение переехать в Тбилиси на постоянное место жительства, позже получил грузинский паспорт.

Автор и соавтор 54 книг, автор сценария 8 фильмов. опубликовал около 2000 статей в газетах и журналах многих стран мира. В 2016 г. выпустил книгу "Антисоветские истории" /издана в Грузии и Украине/.

Лауреат премии Союза журналистов России (1995).

Гран-при международного кинофестиваля "Образ веры" (1993).

Медаль Зороастрийского колледжа в Бомбее (1991), орден "Чести", Грузия.

супруга - Оксана Маслак, гражданка Украины. Дочь Татьяна, двое внуков.

Скончался в Грузии.