В 1918 году вступил в Красную Армию. Член ВКП(б) с 1927.

Во время Гражданской войны был начальником штаба кавалерийской бригады, дивизии, командиром кавалерийской дивизии, начальником полевого штаба 2-й Конной армии.
После войны командовал кавалерийской бригадой, дивизией, корпусом.
В середине 1920-х годов - командир 11-й кавалерийской дивизии 13-го стр. корпуса - основной ударной силы, боровшейся с басмачами в Таджикистане, был тяжело ранен в бою в горном массиве Баба-Таг.

В 1938-40 - командующий войсками Северо-Кавказского ВО.
В 1940-41 - командующий войсками Архангельского военного округа.

Согласно директиве Ставки ГК № 0043 командующему войсками Архангельского военного округа "О формировании и задачах армии" от 27 июня 1941 года назначен командующим 28-й армией (до 10.08.1941).
Командир армейской группы войск (с 15.07.1941, в составе 145,149 сд и 104 тд).

Генерал-лейтенант (1940).

Официально считается, что погиб 4 августа 1941 года в в бою в районе Рославля. Награжден двумя орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны I степени (посмертно).

Не имея достоверных сведений, Сталин подписал приказ Ставки Верховного Главнокомандования № 270 от 16 августа 1941 года, в котором В. Я. Качалов и командующий 12-й армией П. Г. Понеделин (он действительно попал к немцам в плен, однако в плену держался мужественно), были объявлены предателями, затем заочно осуждены:

"...Командующий 28-й армией генерал-лейтенант Качалов, находясь вместе со штабом группы войск в окружении, проявил трусость и сдался в плен немецким фашистам. Штаб группы Качалова из окружения вышел, пробились из окружения части группы Качалова, а генерал-лейтенант Качалов предпочел сдаться в плен, предпочел дезертировать к врагу..."

После смерти Сталина жена В. Я. Качалова обратилась с письмом в ЦК КПСС с просьбой восстановить справедливость и вернуть честное имя мужу, у него незаслуженно отнятое. В. Я. Качалов был реабилитирован в 12.1953 года.

Женат 2-м браком на племяннице 1-й жены. В 1941 году жена арестована и ее сына взяла на воспитания 1-я жена, которая во время войны продолжала хлопотать о реабилитации мужа, т.к. в ее доме поселилась истопником жительница Смоленской области, которая утверждала, увидев фотографии Качалова, что лично знала его, как участника партизанского движения в Смоленской области и присутствовала при его казни немцами и может показать его могилу.
Вскоре после войны могила была эксгумирована, но официально не освидетельствована. Экс-жена опознала останки Качалова по золотому зубу, поломанной кости руки и, косвенно, генеральской одежде.
Около 1949 года была освобождена из тюрьмы жена и некоторое время жила в квартире экс-жены, но вскоре опять арестована и приговорена к 25 годам по обвинению в подготовке теракта против И.Сталина. В тюрьме подвергалась пыткам. Умерла почти сразу после освобождения в 1953 г.

Сын - юрист.

В.Коган. "Континент", Иерусалим, № 14, 19-23 декабря 1976