Родился в г. Бишкек. Сын известного поэта Джоомарта Боконбаев (1910-44).
Окончил школу №6 г. Бишкека.

Мать - Адышева Тенти (1920-1984), народная поэтесса Кыргызстана.

1969-1971- Служба в рядах Советской армии.
Сотрудник МВД КР. Майор милиции. Начальник досмотровой службы на воздушном транспорте в аэропорту "МАНАС".

Брат - Боконбаев Кулубек Джоомартович (1940), бывший министр экологии КР. Член корр. АН КР. Доктор геолого-минералогических наук, профессор. Заслуженный деятель науки.

Брат - Адышев Джаныбек Мусаевич (1955), бывший зам. минстр образования и культуры КР. Кандидат биологических наук.

Сестра - Боконбаева Сырга Джоомартовна (1941), доктор мед. наук, профессор.

Супруга - Садриддинова Ханифа Абдувалиевна, окончила Ташкентский Государственный Экономический университет (1971), Ташкентский Государственный Медицинский институт (1981), кандидат экономических наук, доцент.

Сын - Боконбаев Джоомартбек, студент КНУ, занимается Айкидо.