Родился в США.

Высшее образование получил на историческом факультете Западного колледжа Лос-Анджелеса, там же в Калифорнийском университете в 1975 году получил диплом доктора наук.

С 1975 - преподаватель Калифорнийского университета, читал лекции и вместе со студентами ежегодно участвовал в археологических экспедициях по всему миру.

Последние четверть века Дж. Маллори ведет курс археологии в Королевском университете города Белфаста.

С 1996 года член Королевской академии Ирландии.

Последние тридцать лет по контракту читает лекции и ведет семинары по индоевропейским исследованиям в Оксфорде, Гарварде, Кембридже, других крупнейших университетов и научных центров США и Европы.

Автор свыше ста научных трудов, статей и докладов.
В том числе, ставшей в 1989 году бестселлером книги "В поисках индоевропейцев". Это тот редкий случай, когда сугубо научный труд вызывает живейший общественный интерес. Вскоре после того, как книга была издана в Лондоне, ее перевели на греческий, французский, турецкий и хорватский языки.

Впоследствии он написал еще несколько книг, среди которых "Антропоморфные стелы Украины: ранняя иконография индоевропейцев" (Вашингтон, 1994) и "Таримские мумии: тайна первых представителей Запада в Древнем Китае" (Лондон -Нью-Йорк, 2000). Под его редакцией изданы также "Энциклопедия индоевропейской культуры" (Лондон - Чикаго, 1997), "Дереиевка: поселение и некрополь Медного века с погребением лошади на Среднем Днепре" (Оксфорд, 1986) и др.

С 2000 года - главный редактор издающегося в Вашингтоне "Журнала индоевропейских исследований".