Ахрор Мухторов родился 5 ноября 1924 года в городе Ура-Тюбе (ныне Истаравшан). В 1951 году окончил исторический факультет Сталинабадского государственного педагогического института имени Т.Шевченко (ныне Таджикский государственный педагогический университет имени С.Айни).

С 1953 года работал в Институте истории, археологии и этнографии Академии наук Таджикистана имени А. Дониша. В течение 30 лет он руководил в этом научном учреждении отделом истории средних веков.

В 1971 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора исторических наук. С 1978 года член-корреспондент, с 1991 года- действительный член (академик) Академии нfук РТ.

А.Мухторов внес большой вклад в развитие исторической науки Таджикистана и Центральной Азии. Его перу принадлежат 80 книг и свыше 500 научных статей по истории средних веков народов Таджикистана, Средней Азии, Афганистана, Ирана и Индии. Многие из трудов академика переведены на иностранные языки и изданы за рубежом.

А.Мухторов являлся активным участником Великой Отечественной войны 1941-1945 годов, участвовал в боях за освобождение Украины, Польши, Чехословакии и Германии.

Награжден многими орденами и медалями СССР и РТ.

В сентябре 2007 года правительственным постановлением ему за выдающийся вклад в исследование истории таджикского народа была присуждена Государственная премия имени Абуали ибн Сино.