Родился в 1898 году в деревне Ойраны Вилейской вол. Минского уезда в семье крестьянина. Русский.

Окончил Вильнюсское высшее городское училище, курсы усовершенствования комсостава в 1922 и 1925 годах.

В марте 1918 года призван в ряды Красной Армии. Участвовал в гражданской войне в 1918–1921 годах против белогвардейцев и интервентов в Сибири и Горном Алтае, на Восточном, Южном и Северо-Кавказском фронтах.
В 1922–1931 годах проходил службу в Белорусском, Северо-Кавказском военном округах на должностях помощника начальника штаба полка, командира-комиссара батальона, начальника связи стрелковой дивизии.
В 1935 году окончил курсы усовершенствования офицерского состава. Участвовал в советско-финляндской войне 1939–1940 годов.
В предвоенные годы преподавал в Грозненском пехотном училище.
С ноября 1941 года до победы над Германией воевал на Южном, Северо-Кавказском, Закавказском, 4-м Украинском фронтах и Отдельной Приморской армии, принимал участие в оборонительных боях под Таганрогом, Ростовом и на Кавказе, в освобождении Кавказа, Кубани, Крыма, Украины, Польши, Венгрии, Чехословакии.

Награжден двумя орденами Ленина, четырьмя орденами Красного Знамени, орденами Суворова 2-й степени, Кутузова 2-й степени, Отечественной войны 2-й степени и десятью медалями.

Звание Героя Советского Союза М. И. Колдубову присвоено 29 июня 1945 года за личную отвагу, мужество и умелое командование дивизией.

командир 83-й Туркестанской горнострелковой дивизи, которая вела тяжелые бои на Кавказе, Тамани и в Крыму, где разгромила части 98-й немецкой пехотной и 3-й румынской горной дивизий.
За бои на Таманском полуострове дивизия переименована 9 октября 1943 года в 128-ю гвардейскую Туркестанскую горнострелковую дивизию;
За эти бои М. И. Колдубова наградили орденом Кутузова 2-й степени и присвоили ему звание генерала.

"Колдубов - генерал боевой, смелый, опытный", - так писал в своей книге "Горнострелковая атакует" командир соседней дивизии Герой Советского Союза генерал А. Ф. Гладков.

В последующих сражениях дивизия под командованием генерала Колдубова прошла большой боевой путь. В тяжелых условиях горно-лесистой местности Карпатских гор, действуя на главных направлениях, она сыграла решающую роль в освобождении Моравско-Остравского района - крупного промышленного центра Чехословакии, успешно форсировала реки Ольшу, Одер, Мораву.

В наградном листе, подписанном командующим 1-й гвардейской армией генерал-полковником А. А. Гречко, сказано:

"Тов. Колдубов опытный генерал, во всех боевых операциях отличался решительностью своих действий, твердостью воли, характера и настойчивостью в выполнении боевых задач".

За умелое руководство боевыми операциями дивизии, за личное мужество, храбрость генерал Колдубов достоин присвоения звания Героя Советского Союза".

После войны генерал М. И. Колдубов окончил курсы командиров соединений при военной академии имени М. В. Фрунзе, командовал соединениями. В 1956 году по состоянию здоровья уволен в отставку, вел военно-патриотическую работу.

Гвардии генерал-майор,

Умер в 1967 году в г. Оренбург, похоронен на оренбургском кладбище, на могиле установлен бюст.