Родился в г. Киев в семье грузчика и прачки Новиковых. Учился 5 лет в 2-классном городском училище, которое не закончил. Учился 6 месяцев в школе юнг, которую также не закончил.

Состоял в РКП(б) с 10 октября 1919 до января 1920 года, затем с января 1921 года.

Трудовую деятельность начал в 1916 году подручным слесаря в мастерских г. Киева, в 1917 года подручный слесаря в Кронштадте.

С 1918 по сентябрь 1920 года служил в Красной Армии, рядовой, командир взвода, военком отряда. Попал в плен к частям Белой армии в сентябре 1920 года, был приговорен к смертной казни, совершил побег.

В органах ВЧК-ГПУ-НКВД с 1920 года : с 15 октября 1920 до 1923 года уполномоченный по информации Особого отдела ВЧК Черного и Азовского морей, Запорожской губернской ЧК, начальник информации Политического бюро ЧК Больше-Токмакского уезда, уполномоченный по информации особого дивизионного пункта Особого отдела ГПУ 7-й стрелковой дивизии, Особого отдела Секретно-оперативной части ГПУ при СНК Крымской АССР, помощник начальника информационного отделения Секретно-оперативной части Полномочного представительства ОГПУ по Крыму.

В 1926-1927 годах в распоряжении Полномочного представительства ОГПУ по Казахстану, начальник секретно-оперативной части, заместитель начальника Акмолинского губотдела ГПУ, начальник информационного отдела Акмолинского губотдела ГПУ. В 1927-1928 годах начальник информационного отдела Полномочного представительства ОГПУ по Казахстану. В 1928-1930 годах начальник информационного отдела Полномочного представительства ОГПУ по Сибирскому краю.

В 1930-1931 годах начальник информационного отдела ПП ОГПУ по Западно-Сибирскому краю. В 1931-1932 годах начальник секретно-политического отдела ПП ОГПУ по Западно-Сибирскому краю.

В 1932-1934 годах начальник секретно-политического отдела Полномочного представительства ОГПУ по Белорусской ССР. В 1933-1934 годах начальник экономического отдела ПП ОГПУ по Белорусской ССР.

В 1934-1935 годах заместитель начальника Управления НКВД по Курской области. В 1935-1937 годах начальник секретно-политического - IV отдела УГБ Управления НКВД по Ленинградской области.

В январе-феврале 1937 года начальник Управления НКВД по Башкирской АССР, в феврале-марте нарком внутренних дел Башкирской АССР.

В апреле-сентябре 1937 года начальник Управления НКВД по Восточно-Сибирской области. Этот период отмечен вхождением в состав особой тройки, созданной по приказу НКВД СССР от 30.07.1937 № 00447[4] и активным участием в сталинских репрессиях[5].

Начальником управления НКВД по Восточно-Сибирской области назначен Герман Антонович Лупекин. Как писала "Восточно-Сибирская правда", он "вскрывает и тщательно до конца выкорчевывает правотроцкистских диверсантов и шпионов, агентов фашизма, пытавшихся продать трудящихся Восточно-Сибирской области в рабство японско-германскому фашизму". Вместе с Г. А. Лупекиным прибыла его команда в составе лейтенантов А. Е. Дьячкова, М. П. Бучинского, 3. И. Желонкиной, Ю. С. Степина, Ю. И. Попова, И. Д. Верещагина, старших лейтенантов П. В. Сарычева, А. Н. Троицкого, младших лейтенантов Е. М. Копова, К. Р. Руденко.[6]

В сентябре 1937 года - январе 1938 года начальник Управления НКВД по Иркутской области. С 31 января 1938 года начальник Управления НКВД по Ростовской области[7].

Арестован 7 июля 1938 года (арест оформлен только 13 ноября 1938 года) ГУГБ НКВД СССР как "участник антисоветской заговорщической организации в органах НКВД" (по показаниям его бывшего начальника по Сибири, Белоруссии и Ленинграду Л. М. Заковского). Внесен в список Л.Берии от 16 января 1940 года по 1-й категории. Военной коллегией Верховного суда СССР 28 января 1940 года осужден к расстрелу. Приговор приведен в исполнение в ночь на 29 января 1940 года. Вместе с Лупекиным была расстреляна группа руководящих сотрудников региональных управлений НКВД (П. А. Коркин, С. Т. Матузенко, С. П. Попов и др.). Место захоронения - могила невостребованных прахов № 1 крематория Донского кладбища. За грубые нарушения законности в период работы в органах НКВД в пересмотре его дела и реабилитации отказано.

Звания
майор государственной безопасности, 25.12.1935;
старший майор государственной безопасности, 10.04.1937.
Награды
знак "Почетный работник ВЧК-ГПУ (V)" № 547;
знак "Почетный работник ВЧК-ГПУ (XV)", 20.12.1932;
орден Ленина, 19.12.1937;[8] (лишен посмертно Указом Президиума ВС СССР от 24.01.1941).
медаль "XX лет РККА", 22.02.1938.

-------------

В ряде биографий год рождения указан - 1902. В анкете партпереписи 1926 г. указан 1901 г.
уроже­нец г. Киева, украинец,

Учился 5 лет в 2-классном городском училище, не закончил.
Учился 6 месяцев в школе юнг, не закончил.

член ВКП(б) в 10.1919-01.1920 и с 01.1921 г.

Трудовую деятельность начал в 1916 г. подруч­ным слесаря в мастерских города Киева. В 1917 г. подручный слесаря, г. Кронштадт.
С 1918 по 09.1920 г. служил в Красной Армии (2 года и 9 месяцев): рядовой, командир взвода, военком отряда.
С 09.1920 - уполномоченный, начальник отделов в органах ГПУ/ОГПУ.
В =1926-27= - нач-к 1-го отделения-зам. начальника ОО Акмолинского губГПУ.
начальник ИНФО ПП ОГПУ СССР по Сибири (=1928=)
В 1932-1934 гг. являлся начальником секретно-полити­ческого и экономического отделов ГПУ Белорус­ской ССР.
В 1935 г. начальник СПО УНКВД Ле­нинградской области.
С января по апрель 1937 г. нарком НКВД Башкирской АССР, затем началь­ник УНКВД Иркутской области.
В 31 января – 7 июля 1938 - началь­ник УНКВД по Ростовской области.

Имел звание старшего майора госбезопасности.

13 ноября 1938 г. арестован ГУГБ НКВД СССР как участник антисоветской заговорщической орга­низации в НКВД и 28 января 1940 г. Военной кол­легией Верховного суда СССР осужден к рас­стрелу.

За грубые нарушения законности в период рабо­ты Лупекина Г. А. в органах НКВД в пересмотре его дела и реабилитации отказано.