Род. в семье сельского протоиерея Вологодской епархии.

Окончил Тотемское духовное училище (1905) и Вологодскую духовную семинарию (1911).

После окончания семинарии состоял псаломщиком Богородицкой церкви г. Вологды и был помощником секретаря епархиальной канцелярии. 6 августа 1912 рукоположен во священника и служил в селе Суетино, Вологодской епархии, и так же состоял законоучителем двух школ. С 1 января 1915 – священник и законоучитель в селе Степурино. В годы Первой мировой войны был военным священником в Карпатах. Овдовел, оставшись с двумя малолетними детьми; в 1917 возвратился на прежнее место службы. В 1922 уклонился в обновленчество, и в сане протоиерея назначен уполномоченным Св. обновленческого Синода по Тамбовской епархии (ТЕУ). С 5 декабря 1943 – настоятель Покровского храма в Тамбове. В это время Покровский храм был единственным действующим в городе, а о. Иоанн стал его первым настоятелем после открытия. В 1944 о. Иоанн отрекся от обновленчества и вместе с приходом был принят в Православную церковь. С 1 февраля 1944 – настоятель Покровского храма и секретарь архиепископа Тамбовского Луки (Войно-Ясенецкого). Затем был зачислен, по своему прошению, в братию Почаевской лавры.
16 апреля 1949 пострижен в монашество с именем Иннокентий в честь преподобного Иннокентия Вологодского, подвязавшегося в Почаевской лавре. В том же году был назначен проповедником и заведующим Лаврской библиотекой. Советская власть наложила на Лавру много запрещений и угроз, обложила огромными налогами.

В 1950-53 - архимандрит Свято-Успенской Почаевской Лавры;
С 13 декаб. 1953 - епископ Кировоградский и Николаевский;
С 28 авг. 1958 по авг. 1960 - архиепископ Алма-Атинский и Казахстанский;
в авг. 1960 г. уволен на покой.
С 23 нояб. 1960 - архиепископ Калининский и Кашинский.

Погребен на Николо-Малицком кладбище в городе Тверь.