Род. в г. Алма-Ата. Казах племени найман, род - баганали (Средний жуз). Отец - агроном в совхозах.

В 1991 году окончил с отличием Казахский государственный университет им. С.М.Кирова, по специальности "Правоведение", с квалификацией – "Юрист".

В 1980 году окончил школу. С 1983 по 1984 год работал пастухом. С 1984 по 1985 год работал ульщиком на совхозной пасеке. В 1985-1987 - служил в Армии, командир отделения.

В 1991 г. основал частную компанию "Сеймар Коммерс", с 1992 - концерн "Сеймар", которая экспортировала пшеницу (зерновые культуры) в страны СНГ. В разное время руководил концерном "Сеймар", ОАО "Алматы Кус" в качестве Президента.
1995-1997 - начал скупать птицефабрики по всему Казахстану и в 1998 году основал компанию "Алматыкус" (позже переименованную в "Алел Агро"), генеральным директором которой был назначен Аскар Галин (брат Маргулана).

В 2000 году был избран Председателем Совета директоров АО "Сеймар".
В 2002 году купил телекоммуникационного оператора "К-Мобайл". В 2003 году он стал председателем правления компании "Рис Казахстана". В 2004 году продал "К-Мобайл" "Вымпелкому" за $425 млн.

С 2006 года - Председатель Совета директоров АО "Финансовая корпорация Сеймар Альянс".

С 16 ноября 2006 - Председатель правления АО "Финансовая корпорация Сеймар Альянс" (Seimar Alliance Financial Corporation - SAFC), член совета директоров АО "Финансовая корпорация Сеймар Альянс".

Председатель совета директоров "Альянс Банка" (=2009=).

+ Президент Федерации шахмат Республики Казахстан (2007-2009)

В июле 2009 покинул Казахстан. В окт. 2009 г. Агентством по борьбе с экономической и коррупционной преступностью РК объявлен в розыск вместе с братьями Ерланом Сейсембаевым и Аскаром Галиным предъявлено обвинение в хищении средств банка - 16 млрд. тенге.
25 окт. 2010 добровольно прибыл в РК и сдался следствию.
В ходе судебных процессов и расследований, проходивших в Казахстане, Великобритании, Лихтенштейне, Швейцарии и ОАЭ, Маргулан Сейсембаев и его команда были оправданы и освобождены от выплаты какой-либо компенсации в пользу Alliance Bank.

С августа 2013 года - управляющий партнер хедж-фонда "Asadel Capital". В 2016 году Маргулан запустил фонд прямых инвестиций в Сингапуре под названием Asadel Partners PEF.

С марта 2017 года - член попечительского совета и акционер университета "АлмаУ".
С апреля 2017 года - председатель попечительского совета Фонда "Ак Бокен".

В 2020 году Маргулан Сейсембаев вошел в состав комитета реформ Михаила Саакашвили в Украине

В 08.2020 спонсировал поездку в Киев "казахстанской делегации" (неск-ко депутатов, "активистов" и журналистов), встречавшихся с Саакашвили и договорившихся открыть "международный центр Саакашвили в одном из казахских университетов"/

"Сегодня Украина борется не только за себя, но и за всех нас, борется за нашу с вами свободу, за безопасность во всем мире"
https://www.turanpress.kz/obshchestvo/605-kazhdyi-mnit-sebja-strategom-vidja-boi-so-storony-obzor-kazahskoi-pressy.html

жена - Сауле и три дочери Зере, Дамели и Альмира.