Родился в центральной афганской провинции Вардак. Там же закончил среднюю школу, а в 1977 году завершил учебу в кабульском лицее "Рахман Баба". В том же году Гулям Фарук поступил на престижный факультет фармакологии Кабульского университета. Однако спокойной учебы у молодого студента не вышло: после ввода в Афганистан советских войск в конце 1979 года, Вардак бросил учебу и уехал, как и многие его друзья, в соседний Пакистан. Однако Гулям Фарук не мог оставаться безучастным к тому, что происходило на его родине. Спустя несколько месяцев, недоучившийся медик Фарук Вардак вернулся в Афганистан, где занялся оказанием медицинской помощи населению на территории, подконтрольной моджахедам. Буквально, без отрыва от войны, в 1982 году, Вардак закончил по своей основной специальности Лахорский государственный университет в Пакистане и стал дипломированным врачом.

Около 10 лет, с 1986 по 1996 годы, доктор Фарук Вардак работал в системе ООН, действовавшей в регионе. С 1996 по 2001 годы Вардак руководил подразделением ООН, оказывающего помощь в реабилитации афганских инвалидов.

В 2002 году, после формирования в Кабуле переходного правительства Афганистана, Вардак перешел на работу в Управление развития Организации Объединенных Наций (ПРООН) по Афганистану. В 2004 году в преддверии Лоя-Джирги Фарук Вардак, по рекомендации специального представителя Генерального секретаря ООН по Афганистану, был назначен председателем комитета по разработке новой Конституции страны (таким образом, связи, наработанные через проекты ООН в минувшие годы, "начали работать" на Фарука Вардака).

В феврале 2004 года Вардак был назначен главой Координационного центра ООН и афганского правительства по организации первых президентских выборов. И со своей задачей доктор Вардак справился блестяще. В результате чего в 2005 году указом избранного афганского президента Хамида Карзая Фарук Вардак был назначен главой управления аппарата афганского правительства.

С тех пор политическое влияние Фарука Вардака в кабинете Хамида Карзая продолжало неуклонно усиливаться. В 2006 году доктор Вардак был назначен министром по делам парламента (в обязанности которого входит, в частности, решение финансово-административных дел национального собрания). В том же году Вардак был назначен председателем оргкомитета афганско-пакистанской мирной Джирги, ставшей первой попыткой со стороны официального Кабула и их американских союзников решить проблему "Пуштунистана" - как главного условия успешной борьбы с талибами.

С 11.10.2008 - в отставке.

С 2009 - министр образования Афганистана