Родился в г. Талды-Кургане.

После окончания средней школы в 1971 г. поступил в Карагандинскую высшую школу МВД СССР, Окончил Карагандинскую высшую школу МВД СССР (1975). Доктор юридических наук. Профессор. Тема кандидатской диссертации "Организация и методика расследования незаконного занятия рыбным промыслом : По материалам Казахской ССР", Академия МВД СССР, Москва, 1982), тема докторской диссертации "Взаимодействие правоохранительных органов стран СНГ при раскрытии и расследовании транснациональных преступлений", Академия управления МВД РФ, Москва, 2000).

С июля 1975 г. по ноябрь 1976 г. работал начальником кабинета кафедры криминалистики КВШ МВД СССР, а с ноября 1976 г. по октябрь 1980 г. - преподавателем этой же кафедры.

С октября 1980 г. по октябрь 1982 г. являлся адъюнктом кафедры криминалистики и специальной техники МФЮЗО при Академии МВД СССР. По окончании адъюнктуры вновь работал преподавателем, затем старшим преподавателем, доцентом, заместителем начальника кафедры криминалистики КВШ МВД СССР. В августе 1989 г. Еркенов С. Е. был переведен на должность доцента кафедры специальных дисциплин и боевой подготовки Алма-Атинского факультета КВШ МВД СССР. С августа 1991 г. по декабрь 1991 г. возглавлял кафедру криминалистики АВШ МВД СССР. В декабре 1991 г. был назначен заместителем начальника по учебной работе, он же начальник учебного отдела Алма-Атинской высшей школы МВД СССР. В течение 3-х лет (1993-1996 гг.) занимал должность первого заместителя начальника Алматинской высшей школы МВД РК. С января 1996 г. по июль 1998 г. являлся начальником Алматинской высшей школы МВД РК. В июле 1998 г. был переведен на должность заместителя начальника Алматинского юридического колледжа МВД РК по учебной работе, а в феврале 2001 г.  заместителя начальника Академии МВД РК по учебной работе. С февраля 2002 г. по 2008 г. возглавлял Академию МВД РК.

За безупречную службу в органах внутренних дел генерал-майор полиции С. Е. Еркенов награжден многочисленными медалями и поощрениями. Является заслуженным работником МВД РК.

C янв. 2009 - начальник Карагандинского юридического института МВД РК им. Б. Бейсенова.

Генерал-майор полиции (май 2004).