Род. в г. Троицкосавск.

Окончил Троицкосавскую войсковую рус.-монг. школу (1849). Знал китайский, маньчжурский и монгольский языки

С 1849 - переводчик в пограничном правлении. По личному распоряжению генерал-губернатора Муравьева девятнадцатилетнего младшего урядника исключили из казачьего сословия и определили в гражданскую службу. В качестве личного переводчика "генерала" он участвовал в первых сплавах по Амуру; в 1856 году, в чине коллежского регистратора, был назначен переводчиком по дипломатической части Главного управления (эту должность обычно занимали выпускники университета).
В 1858 году Шишмарев принимал участие в русско-китайских переговорах в Айгуне. Его подпись стоит под Айгунским трактатом, закрепившим принадлежность Амурского края России и определившим ее дальневосточные границы. На этом основании Муравьев ходатайствовал о награждении Шишмарева орденом Св. Владимира 4-й степени, дававшего ему права потомственного дворянства. Такую награду в Петербурге сочли чрезмерной, и Шишмареву пришлось довольствоваться чином губернского секретаря.

С 1861 - секретарь и переводчик первого консульства России в Урге (Монголии),
С 1863 - управляющий консульством в Урге
С 1864 по 1911 - консул, генеральный консул России в Урге. Организовал в 1864 г. при консульстве школу переводчиков.
С 1911 - в Санкт-Петербурге ему установлена пожизненная пенсия 500 р. в год. Награжден орденами Св. Владимира 4-й ст., Св. Анны 3-й ст., медалью на Андреевской ленте "В память войны 1853-1856 гг.".

Лит.: Единархова Н. Е. Я.П. Шишмарев - рус. консул в Монголии // Сиб. архив. - Иркутск, 2000.

По поручению СО РГО участвовал в составлении од"ной из первых карт Вост. Монголии, занимался историей, переводами книг с санскрита и тибет. яз. на монг., сбором этнографических коллекций, публикацией науч. ст. в отчетах СО РГО.

Умер в Санкт-Петербурге.