Родился в городе Славгороде Алтайского края. Отец и мать - работали на заводах.

Учился в школах Славгорода и Павлодара (Казахстан). После окончания школы год работал художником-конструктором Павлодарского тракторного завода, затем служил в армии - конвойные войска ВВ МВД СССР.

В 1976 с отличием окончил Свердловский архитектурный институт. В 1978-1982 - художник-постановщик на Свердловской киностудии на фильмах "Гонка с преследованием", "Дым Отечества", "Казачья застава", "Вот такая музыка".

В 1981 году окончил Высшие курсы сценаристов и режиссеров (мастерская Н. Михалкова). Работал ассистентом режиссера у Никиты Михалкова на фильмах "Несколько дней из жизни И. И. Обломова", "Пять вечеров", "Родня". Первым фильмом Хотиненко-режиссера стал фильм "Один и без оружия", который он снял в паре с П. Фархутдиновым в 1984 году.

Преподает во Всероссийском государственном институте кинематографии режиссуру игрового кино.

Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (2001).
Чемпион Казахской ССР по прыжкам в высоту среди школьников.

Актерские работы
1978 - Лекарство против страха
1981 - Родня - Варелик, сосед Владимира Коновалова, Вовчика
1982 - Казачья застава
1988 - За кем замужем певица? - Виктор Петрович Волобуев
1989 - СВ. Спальный вагон
1994 - Самолет летит в Россию - капитан подводной лодки
2005 - Гибель империи (4-я серия "Тезка императора") - Якубов

Режиссерские работы
1984 - Один и без оружия
1986 - В стреляющей глуши
1987 - Зеркало для героя
1989 - СВ. Спальный вагон
1990 - Рой
1992 - Патриотическая комедия
1993 - Макаров
1995 - Мусульманин
1995 - Прибытие поезда - киноальманах (новелла "Дорога")
1997 - Мы дети твои, Москва - короткометражный фильм
1999 - Страстной бульвар
2002 - Следствие ведут знатоки. Третейский судья
2002 - По ту сторону волков
2003 - Вечерний звон
2003 - 72 метра
2004 - Гибель империи
2007 - 1612
2009 - Поп
2010 - Игрок

Написал сценарии
2004 - Гибель империи

Исполнительный продюсер
1999 - Страстной бульвар

Лауреат Всесоюзного кинофестиваля в номинации "Специальный приз за 1988 год ("Зеркало для героя").
Премия "Киношок" в номинации "Премия за режиссуру" за 1992 год ("Патриотическая комедия").
Премия "Киношок" в номинации "Главная премия" за 1993 год ("Макаров").
Премия "НИКА" в номинации "Лучший игровой фильм" за 1993 год ("Макаров").
Премия "НИКА" в номинации "Лучшая режиссура" за 1993 год ("Макаров").
Финалист программы "Номинация. Кино. XXI век." на кинофоруме в Ялте-94 с фильмом "Макаров".
Гран-при Международного кинофестиваля в Монреале, 1995 ("Мусульманин").
Особое упоминание ФИПРЕССИ на XXI Московском кинофестивале ("Страстной бульвар").

Сестра Татьяна - учитель музыки.
Трижды женат. 1-я жена, киноактриса. Сын Илья, кинорежиссер.
2-я жена - Дилором Камбарова, узбекская киноактриса. Дочь Полина, костюмер.
3-я жена - Татьяна Яковлева, преподаватель ВГИКа. Пасынок - Денис (отец - чилийский кинорежиссер Себастьян Аларкон), кинооператор.