Родился в деревне Волево Дубровинского района Витебской области.

Окончил Оршанский техникум железнодорожного транспорта. После службы в армии поступил в Белорусский институт инженеров железнодорожного транспорта на факультет "Эксплуатация железных дорог". Свою трудовую деятельность начал с дежурного, затем начальника станции Минск-Южный Минского отделения. После работал главным инженером, начальником станции Степянка, начальником грузового отдела Минского отделения.

В 1983 году Василию Ивановичу предлагают должность инструктора отдела транспорта и связи Минского обкома Компартии Белоруссии. На этой должности он находился пять лет, после чего вернулся на железную дорогу уже в качестве главного инженера – первого заместителя начальника Минского отделения. Уже через два года Василий Гапеев стал начальником столичного отделения.

В феврале 2002 года Василий Иванович Гапеев возглавил Белорусскую железную дорогу. В этот период активно ведется реконструкция станций и вокзалов по всей республике. Руководство страны высоко оценило работу начальника дороги. В 2004-2006 - вице-премьер белорусского правительства.

в 2006 – 2009 - Чрезвычайный и Полномочный Посол Республики Беларусь в Республике Казахстан.

Награжден знаком "Почетный железнодорожник".