Родился в г. Фрунзе/Бишкек. Кыргыз. Отец - Джумакадыр Исаков (27 августа 1939, село Кочкорка Кочкорского района Нарынской области Киргизской ССР - 25.05.2017), работал на различных партийных должностях в Джалал-Абадской и Ошской областях Киргизской ССР, депутат трех созывов Ошского областного совета народных депутатов. С 2005 года персональный пенсионер

Среднюю школу окончил в г.Ош.
Образование высшее. В 2001 г. окончил Высшую школу Дипломатии и международного права Международного Университета Кыргызстана. Магистр международного права.

Трудовую деятельность начал в 1999 г. в качестве преподавателя в Международном Университете Кыргызстана.
В 2003 г. был приглашен на работу в МИД КР в Международно-правовой департамент. Прошел путь от Атташе до Заведующего отделом.
С апреля 2007 г. по октябрь 2009 г. возглавлял Отдел международного сотрудничества Аппарата Правительства Кыргызской Республики.
В октябре 2009 г. назначен Руководителем службы коммуникаций Центрального агентства Кыргызской Республики по развитию, инвестициям и инновациям.
С апреля 2010 г. – заведующий отделом международных связей Аппарата Временного Правительства Кыргызской Республики.
С 2 авг. 2010 - заведующий отделом внешней политики Администрации Президента Кыргызской Республики.
С 30 дек. 2010 - заведующий отделом внешней политики – в ранге заместителя руководителя Аппарата Правительства Кыргызской Республики.

С 7.12.2011 - заведующий отделом внешней политики аппарата президента КР в ранге заместителя руководителя аппарата.

С 31.01.2017 - первый заместитель руководителя Аппарата президента КР.

С 1.03.2017 - руководитель Аппарата президента КР.

С 26.08.2017 - 19.04.2018 - Премьер-министр КР

С 19.04.2018 - 20.04.2018 - и.о. Премьер-министра КР

С 27.04.2018 - заместитель председателя СДПК /один из 3-х/

5.06.2018 арестован по решению суда на 2 месяца по возбужденному уголовному делу. 6.12.2019 Бишкекским горсудом приговорен к 15 годам лишения свободы по обвинениям в коррупции при модернизации ТЭЦ Бишкека. 9.06.2020 Первомайским райсуд Бишкека признал виновным по статье 319 "Коррупция" УК КР и приговорен к 18 годам лишения свободы.
Согласно приговору судьи Марата Сыдыкова, Сапар Исаков признан виновным по делу о реконструкции Исторического музея. Он также признан виновным в коррупции по эпизоду о реконструкции ипподрома в Чолпон-Ате. Он получил наказание по 12 лет лишения свободы по каждому из этих двух эпизодов. Путем частичного сложения суд определил наказание сроком лишения свободы на 16 лет. В итоге, учитывая ранее вынесенный приговор по делу о реконструкции Бишкекской ТЭЦ, в общем Сапару Исакову назначено наказание сроком 18 лет лишения свободы с отбыванием его в колонии усиленного режима. Также Сапар Исаков должен выплатить государству 247 миллионов 650 тысяч 281 сом.

в ночь на 6.10.2020 освобожден из колонии восставшими

Имеет дипломатический ранг "Чрезвычайный и Полномочный Посол Кыргызской Республики" (23.10.2015)

Доцент кафедры международного права Кыргызско-Российского Славянского Университета (стаж 11 лет).

Награжден орденом "Манас" II степени (06.2016), удостоен мастерской степени, черного пояса и 7-го дана по тхэквондо
от генерального секретаря "Всемирного фонда корпуса мира тхэквондо" Шин До Юна (19.02.2018)

Женат. 6 детей (последний родился в 2017 г. и мальчики-близнецы в 03.2020)