Родился в Самарканде в семье известного музыканта Мукаддасхона. Отец был арестован НКВД и через полгода умер в сталинских застенках.

Окончил московскую консерваторию им. Чайковского, в 1957 году дал свой первый концерт в этом знаменитом концертном зале.

Самым известным большим произведением З.Шахиди принято считать оперу "Комде ва Мадан", получившую, помимо государственных премий, высокую оценку критиков.

В разное время произведения З. Шахиди были исполнены такими знаменитыми исполнителями, как Мукаддас Набиева, Шоиста Муллоджанова, Ханифа Мавлонова, Л. Гаибова и др.

Четыре раза был депутатом Верховного Совета СССР, участвовал на всех творческих декадах Таджикистана в Москве.

В 1985 году З. Шахиди скончался в Душанбе, оставив завещание о том, чтобы его дом затем стал музея его творчества.

Жена - Мунира Шахиди. , дочь – Мунира, сын - Толиб Шахиди, композитор.