Духовное образование получил в Кувейтском государственном университете. Также он окончил магистратуру Дипломатической академии при МИД КР по специальности "политолог". До этого работал казы в Баткене, руководил несколькими отделами муфтията и сотрудничал в нескольких ВУЗах преподавателем.

? - 17 июля 2012 - зам. муфтия Кыргызстана

С 17 июля 2012 - исполняющий обязанности муфтия Кыргызстана.

С 15 декабря 2012 г. избран муфтием КР на очередном IV Курултае мусульман республики в г. Бишкек (сроком на 5 лет).

31 декабря 2013 г. в Интернете появилось видео интимного характера, на котором был запечатлен муфтий Рахматулла Эгембердиев и неизвестная женщина. Священнослужитель утверждал, что на видео снята его жена.

7 января 2014 г. заявил о своей добровольной отставке. Объявил, что скандальную съемку организовал глава Государственной комиссии по делам религий при президенте КР Абдулатиф Жумабаев.