24.11.1991 году являлся кандидатом в президенты РТ. Соперничал с Рахмоном Набиевым, Давлатом Худоназаровым, Сайфиддином Тураевым Хикматулло Насриддиновым, Кадриддином Аслоновым, Бурихоном Салимовым и Акбаром Махсумовым.

До ноября 2011 года возглавлял госкомпанию "Нефти, газа и угля" Минэнергопрома Таджикистана. В конце 2011 года Бобишо Шоев был обвинен в мошенничестве и незаконном присвоении денежных средств и приговорен к 18 годам лишения свободы.
В приговоре суда говорилось, что Бобишо Шоев в период с 2005 по 2010 годы присвоил более 1 миллиона сомони средств населения. Также Б.Шоев использовал в своих личных интересах 417 тысяч сомони, принадлежащих госкомпании.

Отбывал срок наказания в исправительно-трудовой колонии №4, в городе Душанбе. Осенью 2013 г. из-за болезни сердца был доставлен в тюремную больницу города Вахдат.
Скончался в результате инфаркта в больнице тюрьмы города Вахдат.