Родился в иракском городе Самарра. Реальное имя Абу Бакр аль-Багдади – Ибрагим Ауаад Ибрагим Бу Бадри бин Армуш, также известен как Абу Ауаад или Абу Дуа’а. Принадлежит к клану Боу Бадри, являющегося частью клана Абу Абасс из Самарра. Клан утверждает, что происходит от имама аль-Хассана бин Али. Это означает, что предки Абу Бакра происходят из племени Курейш, что является одним из обязательных условий для того, чтобы стать эмиром в джихадистской группировке. В то же время, Фонд Алауи, занимающийся сохранением хашимитского наследия,, опубликовал в 2009 году исследование, согласно которому Боу Бадри не происходят ни от Мухаммеда аль-Джавада, ни от Бин Идриса, ни от аль-Хасана, вопреки их утверждениям.

Багдади работал в Фаллудже и был имамом в провинции Дияла.

Получил докторскую степень по исламскому праву в Университете Багдада.

В ряды повстанцев попал после вторжения в Ирак западной коалиции в 2003 году. Долгое время считался погибшим в результате авианалета. В 2010 году возглавил "Исламское государство Ирака" после убийства ее лидера Абу Омара аль-Багдади и добился объединения с джихадистской группой "Джебхат ан-Нусра" ("Фронт победы") в ИГИЛ. В 2011 году Госдеп США объявил за информацию об аль-Багдади награду в 10 млн долларов. По некоторым данным, он поклялся отомстить Соединенным Штатам за убийство Усамы бен Ладена.

30.06.2014 провозглашен главой (халифом) воссозданного "Исламского Халифата"