Родился в д. Азиево Тамбовской губ. в бедной татарской рабочей семье, рано приобщился к труду.

В 1910 году вместе с семьей переехал в город Верный, где работал кучером, почтальоном.

Участвовал в первой мировой войне. Был призван в армию в 1914 году, во время службы познакомился с революционно настроенными солдатами, воспринял идеи большевиков.

Окончил военно-фельдшерскую школу, был фельдшером в кавалерийской части в Туркестане.

В 1919 году вступил в Компартию.

В 1917-1919 годах принимал активное участие в борьбе за установление Советской власти, в январе 1919 года участвовал в подавлении антисоветского мятежа в Ташкенте, в апреле(?) был начальником штаба мусульманских формирований Красной Армии.

в 07.1919 утвержден руководством ТАССР "орагнизатором Мусульманской Красной армией", курируемой Мусбюро Компартии Туркестана, штаб - г. Самарканд.

В июне 1919 года Шегабутдинов был избран делегатом 3-го Туркестанского краевого съезда РКП (б), в июле - 7-го Чрезвычайного съезда Советов Туркестанской республики, на котором был избран членом Туркестанского ЦИК.

С ноября 1919 года - на Северном Семиреченском фронте, командир 1-го мусульманского стрелкового батальона имени 3-го Коммунистического интернационала, преобразованный в дальнейшем в полк, состоящий из представителей 14 национальностей - казахов, киргизов и других. Участвовал в подавлении белогвардейского мятежа в Джаркенте.

С декабря 1919 года являлся председателем Семиреченского облревкома (=01.1920=) и помощником областного военного комиссара, с февраля 1920 года - областным военным комиссаром.

Принял участие в ликвидации мятежа в крепости Верного. В ночь с 11 на 12 июня 1920 года мятежники отказались выступить на борьбу с басмачами, захватили склады оружия и боеприпасов. Утром 12 июня Шегабутдинов, посланный Военным Советом 3-й Туркестанской стрелковой дивизии в крепость был арестован мятежниками. Благодаря личному мужеству и стойкости большевиков Д. А. Фурманова, И. П. Белова и Б. Шегабутдинова мятеж был ликвидирован.

На 8-м съезде Советов Туркестанской АССР по предложению М. В. Фрунзе с сентября 1920 года Шегабутдинов был назначен военным комиссаром Бухарской Народной Советской Республики.

Убит басмачами в Бухаре.