Свою научно-педагогическую деятельность Сарбагыш Салтанкулович начал в 1957 году с должности учителя Ортокской средней школы, Ивановского района, Фрунзенской области Киргизской ССР.

В 1957-1958 гг. работал старшим лаборантом на биологическом факультете КГУ. С 1958 по 1961 год он обучается в целевой аспирантуре в Московском Государственном Университете им. М.Ломоносова. В 1962 году защитил кандидатскую диссертацию на соискание ученой степени кандидата биологических наук.

С 1961 года по 1979 год работал в КГУ ассистентом, преподавателем, старшим преподавателем, доцентом.

В 1979 году С.Рустембекова назначили на должность начальника отдела вузов Министерства высшего и среднего специального образования Кыргызстана, одновременно избирается членом коллегии министерства, где проработал до 1988 года.

В апреле 1988 года на альтернативной основе С.Рустембеков вновь избирается на должность декана биологического факультета КГУ.

В марте 1994 года решением Ученого Совета КНУ С.Рустембеков избран по конкурсу на должность заведующего кафедрой ботаники.

С.Рустембеков является автором более 60 научных учебно-методических и конструкторских работ. В течение десяти лет работал начальником отдела вузов в Минвузе Кыргызстана. В период научных стажировок в зарубежные страны (Чехословакия, Италия, Китай) С.Рустембеков прочитал цикл лекций по морфофизиологии растений, о чем свидетельствуют его аттестационные листы.

Решением экспертной комиссии Министерства образования Кыргызстана в 2004-2005 учебном году произведен набор на 1 курс биологического факультета КНУ по новой специальности "Биоэкология". В настоящее время биологический факультет КНУ изучает и рассматривает вопрос об открытии специальности "Молекулярная биология".

"За активное участие в подготовке научно-педагогических кадров, достижения в научно-исследовательской и в учебно-педагогической работе профессор С.Рустембеков награжден награжден медалями: "За доблестный труд", "Ветеран труда", нагрудными знаками "Отличник народного образования Кыргызской ССР", "За отличные успехи в работе в области высшего образования СССР".

Трижды награжден знаком "Победитель социалистического соревнования", многими Почетными грамотами Минвуза СССР, Министерства образования КР, ЦК Профсоюзов, ЦК ВЛКСМ и ректората КГУ.

Постановлением Ученого Совета КГНУ от 2 мая 1996 С.Рустембекову присвоено звание "Почетный профессор КГНУ", а также в 1999 году присвоено звание "Лучший лектор КГНУ". За большой вклад в подготовку педагогических и научных кадров республики указом президента КР в 1993 году присвоено почетное звание "Заслуженный работник народного образования КР". В 2001 году награжден Почетной грамотой Кыргызстана за многолетнюю педагогическую деятельность, заслуги в воспитании и подготовке высококвалифицированных кадров.