В 2004 году получил степень бакалавра по специальности "Управление финансами", окончив Казахстанский государственный университет. В 2013 году прошел бизнес-обучение для топ-менеджеров в Лондонской школе бизнеса.

Свою карьеру в сфере управления финансами Ернар начал в 2004 году в банке HSBC в Казахстане, с 2005 по 2007 год работал аудитором в "KPMG-аудит Казахстан". В 2007-м присоединился к команде Kcell – оператора сотовой связи в Казахстане, который входит в состав скандинавского телекоммуникационного холдинга TeliaSonera, в должности руководителя по операционному учету. В 2009 году Ернар Накисбеков стал самым молодым главным бухгалтером из представителей 20 крупнейших компаний страны. В 2012-м Ернар возглавил финансовую функцию в операторе связи Tcell в Таджикистане, став самым молодым финансовым директором холдинга TeliaSonera. При его непосредственном участии было проведено успешное слияние двух бизнес-единиц компании в Таджикистане, а также запущена первая сеть LTE в стране.
В 2015 году исполнял обязанности генерального директора оператора сотовой связи Tcell.

С сент. 2015 - гендиректор Beeline-Кыргызстан (TM "Beeline" в Кыргызстане).

В 1.06.2000 - 15 апр. 2022 - заместитель председателя правления ДБ АО "Сбербанк" (Казахстан) /уволился "по личным причинам"/

Увлекается футболом, шахматами и сноубордом.