Родился в д. Филатовка Козельского уезда Калужской губернии.

Окончил Мариупольское механико-техническое училище.

В 1914 г. вступил в члены РСДРП(б). За революционную пропаганду на металлургических заводах "Никополь" и "Русский провиданс" в 1914 г. выслан из Мариуполя, но под давлением рабочих ссылка была отменена.

В 1917 г. избран первым председателем Мариупольского городского комитета РСДРП (б), председателем военно-революционного исполкома и организатором Красной Гвардии.

В конце 1917 г. с наказом Мариупольских рабочих приезжал к В.И. Ленину, который одобрил инициативу рабочих, решившись национализировать заводы "Никополь" и "Провиданс". В феврале 1918 г. Варганова назначали комиссаром по военным и морским делам в Донбассе.

После ранения он приехал в свою родную деревню Филатовку Козельского уезда, и его назначили уездным военкомом, а затем вызвали в Калугу, где он, как уже губернский комиссар, возглавил чрезвычайный штаб по борьбе с контрреволюцией. В конце 1918 года В.А. Варганов был назначен Калужским губернским военкомом. Будучи командующим военными силами губернии он ввел единую форму для курсантов Калужских командных курсов, в частности он предложил курсантам носить пилотки, которые затем вошли в форму одежды Красной Армии.

В апреле 1919 г. В.А. Варганов прибыл в Астрахань в распоряжение С.М. Кирова. В тот же день С.М. Киров подписал приказ о его назначении комиссаром инспекции пехоты по формированию 11-й армии. После того как 11-я армия была сформирована, все силы были брошены на создание Каспийской флотилии. Секретным приказом по Каспийско-Кавказскому фронту В.А. Варганов вскоре назначается комиссаром морского десанта, который должен был занять полуостров Мангышлак. Задача была выполнена. 16 мая 1919 года на Мангышлакском съезде Советов Василия Афанасьевича избрали председателем съезда.

Он также принимал участие в создании 7-ой казачей кавалерийской дивизии и стал ее комиссаром.

В мирное время занимал должность заместителя особо уполномоченного Совета Труда и Обороны по восстановлению Донбасса, был одним из организаторов Шатурской электростанции, работал инженером и строил метро в Москве, Киеве и Ленинграде.

В.А. Варганов – один из авторов стальных "роботов" - землеройных машин, а также знаменитых эскалаторов, которые установлены на станциях метро. При строительстве метрополитена было применено более 50-ти технических изобретений Варганова.

31 декабря 1966 года решением исполкома Козельского горсовета ему было присвоено звание "Почетный гражданин г. Козельска". В 1969-1973 годах В.А. Варганов вел изобретательский лекторий со старшеклассниками Подборской средней школы интерната.

скончался в Москве, похоронен на Новодевичьем кладбище.

***** дополнение *****
Варганов Василий Афанасьевич родился не в 1895 году,а 22 декабря 1890г. Нужно исправить эту ошибку.