сын министра сельского хозяйства Узбекской ССР Фазлиддина Фахриддинова,

окончил факультет арабской филологии Ташкентского государственного института востоковедения.

В 1989-90 годах в рамках программы по обмену студентами учился в Кувейте.

в середине 90-х годов прошлого века Рухиддин Фахриддинов стал духовным лидером различных экстремистских течений, в частности, течения "ваххабизм", задачей которых было построение исламского государства.

С 1992-1997 - имам-хатиб Ташкентской мечети "Ходжа Нуриддин".
в 1997 году был вынужден подать в отставку с должности главного имама ташкентской мечети.

Спустя немного времени Фахриддинов уехал в Казахстан. В 1998 году он был объявлен в розыск Министерством внутренних дел Узбекистана.

24 ноября 2005 года арестован в г. Шымкент в ходе совместной операции правоохранительных органов Узбекистана и Казахстана,

Летом 2006 г. осужден на 17 лет л/с, признан виновным в совершении преступлений, предусмотренных статьями 158 ("Посягательства на президента Республики Узбекистан"), 159 ("Посягательства на конституционный строй Республики Узбекистан"), 242 ("Организация преступного сообщества") и 244 ("Массовые беспорядки") Уголовного кодекса республики.

Отбывал наказание в колонии-поселении №14 в Зангиатинском районе Ташкентской области,

27 августа 2020 г. досрочно выпущен на свободу после того, как написал письмо президенту Узбекистана Шавкату Мирзияеву с просьбой о помиловании.

Международные правозащитные организации признали Рухиддина Фахриддинова "узником совести".