В 1994 году окончил исторический факультет Кыргызского государственного национального университета им.Баласагына

Работал старшим преподавателем кафедры политологии факультета Международных отношений КРСУ им.Б.Н.Ельцина, экспертом аналитического центра "Полис Азия", старшим научным сотрудником отдела международных проблем Института экономики Национальной академии наук.

13.04.2021 задержан ГКНБ КР по подозрению в гос. измене.

Преподавал на кафедре философии и религиоведения КГНУ. Также работал старшим преподавателем кафедры политологии факультета международных отношений КРСУ.

Был экспертом аналитического центра "Полис Азия". Работал старшим научным сотрудником отдела международных проблем Института экономики Национальной академии наук КР.

Марат Казакпаев был спикером III школы Гражданского образования в поддержку демократии.

13 апр. 2021 задержан в г. Бишкеке сотрудниками ГКНБ КР по подозрению в госизмене в пользу Казахстана. С 27 апреля по 19 мая 2022 находился на стационарном лечении в Национальном госпитале с диагнозом "Свежий полный гемофтальм, миопия высокой степени, хориоретинальная дистрофия". 9.06.2022 доставлен в Клиническую больницу № 1 Бишкека в состоянии комы.