родился в г. Луганске. Русский. Из рабочих. В семье было 10 детей

Окончил городское училище в 1910 году, Донецкое техническое училище в 1914 году. Работал по полученной специальности железнодорожного техника.

В Русской императорской армии с апреля 1915 года. Был направлен в 29-й запасной батальон в Харькове, в мае направлен юнкером в школу прапорщиков. Окончил 4-ю Киевскую школу прапорщиков в 1915 году. После ее окончания с августа 1915 года служил младшим офицером 81-го армейского маршевого запасного батальона. С октября 1915 года воевал в 8-го Заамурском пограничном полку на Юго-Западном фронте: исполняющий должность командира роты, начальник учебной команды полка, командир полуроты. В апреле 1917 года в звании поручика переведен командиром батальона 19-го Заамурского пограничного полка. За храбрость в боях награжден тремя орденами и Георгиевским крестом. С сентября 1917 года - преподаватель офицерской школы 3-й Заамурской пехотной дивизии. После Октябрьской революции избран солдатами командиром 19-го Заамурского пограничного полка. В марте 1918 года был демобилизован.

Тогда же присоединился к Армии Украинской Народной Республики, по утверждению историка С. В. Волкова был взят в плен красными[2]. Данная информация вызывает сомнения, поскольку служба С. А. Байдалинова в украинской армии завершилась 15 сентября 1918 года, а в РККА он зачислен через год, в октябре 1919 года (обычно в Гражданской войне взятые в плен или перешедшие на сторону красных зачислялись в РККА немедленно), кроме того - Армия УНР прекратила существование вместе с самой УНР в апреле 1918 года[4]. Таким образом, обстоятельства биографии С. А. Байдалинова в 1918-1919 годах еще требуют дальнейшего уточнения.

В октябре 1919 года вступил (или мобилизован) в Красную армию и принял участие в гражданской войне. Служил в штабе 141-й стрелковой бригады, с марта 1920 - адъютант 422-го стрелкового полка, с июня 1920 - командир этого полка. Воевал на Западном фронте, участвовал в советско-польской войне и в боях против отрядов С. Н. Булак-Балаховича. С октября 1920 - командир 58-го стрелкового полка 7-й стрелковой дивизии Киевского военного округа, воевавшего против формирований Нестора Махно, И. Струка, Ф. Щуся. С 1922 года был помощником командира и командиром 20-го стрелкового полка в той же дивизии.

В декабре 1924 года направлен на Туркестанский фронт и участвовал в боевых действиях по ликвидации басмачества в Средней Азии. С декабря 1924 по апрель 1929 года был командиром 8-го Туркестанского стрелкового полка 3-й Туркестанской стрелковой дивизии, воевал в Восточной Бухаре. Во время командования полком с октября 1927 по апрель 1928 прошел обучение на Стрелково-тактические курсы усовершенствования комсостава РККА имени III Коминтерна "Выстрел". С октября 1929 года - командир 10-го Туркестанского стрелкового полка 4-й Туркестанской стрелковой дивизии Среднеазиатского военного округа (САВО). Вступил в ВКП(б).

С октября 1930 года служил в штабе САВО - начальник 5-го отдела, с апреля 1933 - начальник отдела боевой подготовки, с марта 1935 - начальник 2-го отдела. В 1935 году под руководством полковника Сергея Байдалинова и командующего САВО комкора Михаила Великанова состоялся 1-й Памирский высокогорный поход РККА, в ходе которого был покорен ряд вершин, в том числе пик Трапеция высотой в 6050 метров. В 1936 году принял участие в походе на пик Ленина, окончившемся неудачей. В 1937 году стал членом секции альпинизма под председательством Николая Крыленко во Всесоюзном комитете по делам физической культуры и спорта при Совете народных комиссаров СССР.

5 мая 1939 года Байдалинов был назначен командиром 83-й горнострелковой дивизии САВО

В 1941 году в РККА было девятнадцать горнострелковых дивизий. Они предназначались для ведения боевых действий на горных направлениях. 83-я Туркестанская горнострелковая дивизия генерала Байдалинова дислоцировалась в г. Красноводске (Туркмения).

После начала войны дивизия приняла участие в совместной англо-советской операции по оккупации Ирана. Операция преследовала цель защитить иранские нефтяные промыслы от возможного их захвата германскими войсками, а также обеспечить южный транспортный коридор для поставок в СССР по ленд-лизу.

С советской стороны в Иранской операции участвовало несколько армий, в том числе части 53-й армии, сформированной в Средне-Азиатском военном округе. Дивизия Байдалинова входила в состав 58-го стрелкового корпуса генерала М. Ф. Григоровича.

арестован 12 июля 1941 года на территории Северного Ирана? по обвинению в антисоветской деятельности и совершении контрреволюционного преступления. (официально его дивизия вошла в Иран только в августе 1941, как он там оказался в июле?). Подробности дела неизвестны. Расстрелян.

Полковник (5.12.1935);
Комбриг (16.03.1938);
Генерал-майор (4.06.1940).

Награды:
Орден Святой Анны 3-й степени.
Орден Святого Станислава 3-й степени.
Орден Святой Анны 4-й степени.
Георгиевский крест 4-й степени.
Орден Красного Знамени (1923).
Орден Красной Звезды (1933).
Медаль "XX лет Рабоче-Крестьянской Красной Армии" (1938).
Знак "Альпинист СССР" 1-й ступени (1936)