родился 1 мая 1943 года в селе Предтеченка Московского района Киргизской ССР. Кыргыз.

В 1960-1964 годы был студентом физического факультета Киргизского государственного университета во Фрунзе, а в 1964 году в порядке перевода продолжил обучение в Новосибирском государственном университете. В этом же вузе он обучался в аспирантуре в 1965-1968 годы.

С 1968 по 1976 год он работал преподавателем, старшим преподавателем и доцентом Киргизского государственного университета, а с 1986 по 1988 годы - проректором по учебной работе.

С 1976 по 1986 годы, затем с 1988 по 1992 годы возглавлял кафедру физики Фрунзенского политехнического института.

В 1992 году Токтомышев назначается ректором Кыргызского государственного университета, а в 1993 году избирается на эту же должность на альтернативной основе.

В 1998-1999 годы С.Токтомышев возглавлял Министерство образования, науки и культуры КР.

С 2000 года по 2021 год продолжил свою трудовую деятельность в КГНУ/КНУ. Занимал должности генерального директора Центра спутниковой связи и проректора КГНУ по телекоммуникациям, советника ректора, директора Научно-исследовательского центра "Мониторинга атмосферы".

специалист в области физики атмосферы и ученым в области космических исследований.

Автор более 200 научных работ, в том числе монографий и научно-учебных пособий, имеет ряд авторских свидетельств и изобретений. Был научным руководителем по защите около 20 кандидатских и докторских диссертаций. Его работы опубликованы в США, Японии и других странах. Он также является академиком Нью-Йоркской академии США, академиком Международной академии науки, образования, индустрии (США, Калифорния), почетным доктором Донг-Гукского университета (Республика Корея, г. Сеул).

лауреат премии Ленинского комсомола Киргизской ССР в области науки и техники (1976 г.), кавалер ордена "Знак Почета" (СССР, 1984).