С ноября 2001 по июль 2006 года Ержан Сарсенбай работал в Министерстве финансов Республики Казахстан в должности от ведущего специалиста до руководителя управления.
С июля 2006 по апрель 2007 года – заведующий сектором науки и инновационной деятельности отдела социально-культурного развития канцелярии премьер-министра РК.
С мая 2007 по ноябрь 2010 года – начальник управления агентского обслуживания проектов АО "Банк развития Казахстана".
С мая 2011 по февраль 2014 года – директор департамента кредитования и кредитного администрирования АО "НК Продкорпорация".
С января 2015 по февраль 2017 года – заместитель директора департамента развития отраслей экономики Министерства национальной экономики РК.
С февраля 2017 по февраль 2021 года – директор департамента управления обязательствами государства и развития финансового сектора Министерства национальной экономики РК.
С февраля 2021 по февраль 2022 года – председатель правления АО "Казахстанский центр государственно-частного партнерства".

председатель правления АО "Жасыл даму" (с 14.04.2022 -
/госкомпания по утилизации мусора/