С принятием российского подданства ханами Младшего и Среднего жуза положение башкир существенно ухудшилось. Они перестали быть необходимой русским военной силой, которая охраняла бы южные границы. Начался постепенный процесс их перевода в податное состояние как государственных крестьян.

Все это вызывало недовольство башкир, которые к тому же начали терять свои земли, на которых стали строиться земли, а также по разрешению царского правительства проводить свои перекочевки казахи.

В 18 веке башкиры наверное единственные сохраняли еще монгольское устройство и были поделена на четыре даруги (так называли губернаторов в Золотой Орде), которые в русском языке стали дорогами. Это были Ногайская, Сибирская, Казанская и Осинская дороги.

По топонимам видно, что территория расселение башкир в то время была намного больше чем та территория, где сейчас расположена Республика Башкортостан и охватывала практически всю степную часть Южного Урала.

Но вследствие активного строительства русских крепостей и перекочевки казахских племен эта территория стала сокращаться и башкиры потеряли Ногайскую и Сибирскую дороги.

Особую активность по захвату коренных башкирских земель проявлял первый самостоятельный хан Среднего жуза казахов Самеке (Шахмухамед-хан), сын хана Тауке.

Самеке-хан правил Средним жузом с 1719 по 1734 годы.

В официальной казахской историографии он считается сильным и независимым государем, который активно участвовал в сопротивлении джунгарам. Но история знает его также как организатора походов против братских башкир и вечного участника междоусобиц казахских чингизидов.

В 1726 году он участвовал в совместном походе казахов против калмыков, который окончился неудачей, несмотря на то, что среди калмыков в это время шла внутри династийная борьба после смерти могущественного Аюки-хана.

Калмыки под командованием тайши Доржи, Лобжи и Дондука смогли загнать казахское войско в ловушку, и только недостаток войск для полного уничтожения помогло казахам вступить в мирные переговоры и уйти подобру-поздорову.

После этого Самеке-хан, чтобы упрочить свое положение вступил в переговоры с русской администрацией и 25 декабря 1731 года принял клятву верности от всех родов Среднего жуза.

Так Самеке-хан стал верным слугой русских царей, которым он служил до конца своей жизни.

Ему также разрешалось многое и в том числе было разрешено селиться на землях башкир, чем он и воспользовался. Казахи Среднего жуза стали совершать регулярный набеги на башкир, захватывая пленников, которых продавали на невольничьих рынках Хивы. В ответ башкиры также стали совершать нападения на казахов. Так, 21 ноября 1732 года башкиры совершили набег на казахов и убив 40 человек, захватили 200 лошадей.

Так как обычно во время нападений убивали редко, то у Самеке-хана появилось веское основание для начала крупного похода против башкир, чтобы окончательно разобраться с ними. Он собрал большое войско и в 1733 году выступил.

Но тут в дело вступил хан Младшего жуза казахов Абулхаир, который опасался усиления влияния Самеке-хана, если бы тот смог утвердиться на башкирских землях, а значит и стать альтернативой самому Абулхаиру в глазах русской администрации.

Он не только предупредил башкир, но и отдал под руководство башкирского тархана Таймаса Шаимова всех своих нукеров (постоянных воинов ханской ставки). Объединенное войско башкир и казахов Младшего жуза разбило войско Самеке-хана.

Полный захват башкирских земель не состоялся, но набеги казахов Среднего жуза не прекратились. И в июле-августе 1737 года казахи одновременно напали на Ногайскую и Сибирские даруги башкир. Башкиры были вынуждены оставить приграничные с казахами земли.

Правда счастья это ни казахам, ни самому хану Самеке не принесло. На очищенных казахами землях башкир русские стали выстраивать крепостные фортеции от Яика до Самары. Эта крепостная линия отгородила казахов от башкир и позволила расшириться в первую очередь Российской империи, а не казахам Среднего жуза.

После таких дел Самеке-хан полностью переключился на внутренние казахские дела и стал участвовать в интригах против Абильмамбет-хана, препятствуя ему в выдвижении на всеказахский трон. Но неудачно и Абильмамбет-хан смог стать верховным ханом, который уже передал свое место Аблай-хану. Хотя мог бы оставить его своему родному сыну. Но Абильмамбет-хан думал о судьбе Казахского ханства, а не о своих личных амбициях. Чего не скажешь о Самеке-хане!

Между прочим в русских источниках Самеке-хан фигурирует под именем Шемяка. Русские чиновники того времени, хорошо разбиравшиеся во всех перепетиях степной жизни недаром нарекли его именем московского князя Дмитрия Юрьевича Шемяки, который также активно участвовал в феодальной войне 15 века московских князей за престол.

Дмитрий Юрьевич Шемяка (начало XV века - 17 июля 1453) - Великий князь Московский, а также князь Углицкий, князь Галицкий; сын Великого князя Московского Юрия Дмитриевича и княгини Анастасии Юрьевны, дочери последнего великого князя Смоленского Юрия Святославича, один из главных участников Междоусобной войны второй четверти XV века.

Само имя Шемяка восходит к монгольскому слову "чимэху" - то есть украшение. Вполне возможно что казахское Самеке также восходит к этому монгольскому слову.