Генетики оценили опасность мутаций южноамериканской версии SARS-CoV-2

Анна Урманцева

Высокопатогенный "Лямбда"-штамм коронавируса уже выявили в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Впервые этот вариант SARS-CoV-2 обнаружили перуанские ученые в августе 2020 года. С тех пор он значительно распространился по Южной Америке. Ученые из этого региона пишут, что критическая ситуация в системе здравоохранения и рост смертности связаны с растущей распространенностью именно варианта "Лямбда". У этого штамма есть мутации в шипе коронавируса, которые обычно связывают с более эффективным проникновением в клетки и способностью "уходить" от антител.

Латиноамериканский мотив

В Россию недавно проникли штаммы коронавируса "Дельта" и "Дельта плюс", которые специалисты оценили как более патогенные: для заражения COVID-19 нужно меньшее количество вирусных частиц. Такие варианты могли появиться только в месте, где много зараженных, то есть вирус способен пройти эволюционный отбор на большом количестве болеющих людей. Такая ситуация наблюдается в Индии, которая сейчас на втором месте в мире по числу инфицированных.

На штамм впереди: чем опасен вариант коронавируса "Дельта плюс"
Новый SARS-CoV-2, который считают причиной второй волны COVID-19 в Индии, вновь мутировал

Есть еще один огромный резервуар, где вирус может эффективно эволюционировать, - Бразилия (на третьем месте по количеству зараженных) и другие страны Латинской Америки: Аргентина (8-е место), Колумбия (10-е), Перу (18-е), Чили (22-е). В этом регионе возник штамм "Лямбда". ВОЗ присвоила такое название этому варианту коронавируса 15 июня. Организация обозначила этот штамм как Variants of Interest (VOI) - вызывающий интерес. Вскоре ВОЗ может переквалифицировать этот его в вызывающий беспокойство (Variant of Concern, VOC), считают специалисты диагностической лаборатории SARS-CoV-2 клинической больницы Порту-Алегри (Риу-Гранди-ду-Сул, Бразилия). Об этом ученые написали в научной статье "Первое выявление варианта SARS-CoV-2 Lambda (C.37) в южной части Бразилии".

Сейчас этот штамм обнаружен уже в 26 странах мира, в том числе в Аргентине, Чили, Австралии, Бразилии, Эквадоре, Германии, Испании, Великобритании и США. Это подтверждается и в статье перуанских ученых. Аргентинские ученые обращают внимание на абсолютную уникальность "Лямбды": "Сочетание мутаций, характерных для вариантов "Бета" (южноафриканский штамм) и "Дельта" (индийский штамм), не обнаружено".

Бразильские генетики обратили внимание на новую мутацию S-белка в этом варианте: Δ246-252. Ее опасность пока не оценена. Перуанские ученые также выражают беспокойство по поводу этой мутации. Они написали, что другие мутации в белке-шипе коронавируса связаны с распространенными инфекциями у пациентов с подавленным иммунитетом.

"Появится новый штамм, который будет избегать действия существующих вакцин"
Эпидемиолог Михаил Щелканов - о возможности формирования супермутантов SARS-CoV-2 и рисках заражения человека новыми коронавирусами от животных

- Пока не представляется возможным сказать, к каким именно изменениям приведет эта мутация, - сказал "Известиям" руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков. - Но любая мутация в RBD-домене (рецептор-связывающий домен, который отвечает за соединение коронавируса с клеткой организма человека. - "Известия") обычно приводит к улучшению возможности проникновения в клетку и ускользания от антител. Но это еще требуется доказать с помощью дополнительных экспериментов.

Вооружен и очень опасен

Бразильские специалисты обратили внимание на способность "Лямбда"-штамма к более быстрому распространению и пониженной чувствительности к нейтрализации антителами. Это может значительно повлиять на эффективность стратегий борьбы с пандемией COVID-19, написали они.

Аргентинские специалисты описали ситуацию, когда у них на глазах андский вариант (как они называют "Лямбда"-коронавирус) начал побеждать британский.

"На данный момент из в общей сложности 2238 образцов, проанализированных посредством активного наблюдения с помощью секвенирования Spike или всего генома, наиболее обнаруженными вариантами были линия C.37 (андский вариант)", - сообщили ученые.

"Дельты" план: станет ли индийский штамм преобладающим в мире
Как в разных странах отреагировали на распространение нового варианта COVID-19

У штамма "Лямбда" множество мутаций, сказал "Известиям" профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета Константин Крутовский.

- Для нового варианта "Лямбда" характерна делеция в гене ORF1a - Δ3675-3677, приводящая к выпадению трех аминокислот. Этот ген кодирует несколько важных для вируса белков. Эта делеция присутствует также в "Альфа" (британский вариант), "Дельта" (южно-африканский) и "Гамма" (другой бразильский) штаммах с повышенной инфекционностью и классифицируемых ВОЗ как варианты, вызывающие озабоченность.

По словам Константина Крутовского, у штамма "Лямбда" есть новая делеция Δ246-252, приводящая к выпадению семи аминокислот, и множественные значимые мутации в гене шипа. Последние вызывают замены аминокислот в шиповидном белке, ответственном за связывание вируса с рецепторами на поверхности клеток человека. Это в дополнение к 19 другим мутациям, подчеркнул эксперт. Изменения L452Q и F490S находятся в самом важном районе шиповидного белка - рецептор-связывающем домене (RBD). Кроме того, было показано, что мутация F490S связана с пониженной чувствительностью к нейтрализации антител.

Но пока неизвестно, является ли вариант "Лямбда" более инфекционным или патогенным, чем другие штаммы, и способен ли он избегать действия доступных вакцин, отметил Константин Крутовский.

- "Лямбды" можно было бы опасаться, если бы не "Дельта". Их противоборство можно было бы увидеть, если есть страны, где представлен и тот, и другой вариант SARS-CoV-2. Судя по базе, эти штаммы встречаются в некоторых европейских странах. Но, если судить по тому, насколько быстро сейчас распространяется вариант "Дельта", он посильней, - высказал мнение Павел Волчков.

Все-таки лидером по производству новых штаммов остается Индия, хотя страны Южной Америки вполне могут с ней поконкурировать, заключил эксперт.