С учетом продолжающегося процесса поиска духовных ориентиров большей частью населения, кризиса идентичности, духовности в Кыргызстане растет влияние различных религиозных групп как традиционных, так и новых нетрадиционных течений. Влияние религии постепенно охватывает все стороны общественной жизни от политики и культуры до бизнеса.

Этому способствует заметно активизировавшийся в последние годы процесс исламизации кыргызского общества с особенно сильным вовлечением молодежи. Не только южные, но и северные регионы страны заняли центральное место в деятельности зарубежных клерикальных центров.
В частности, за истекшие 3 года заметно увеличилось количество учащихся профессиональных колледжей Бишкека и его пригородов, читающих намаз. Если в 2010-2011 учебном году эта цифра составляла 26 человек, из которых 9 девушек носили "хиджаб", то в 2011-2012 году она возросла до 38 (в "хиджабе" - 13), а в 2012-2013 году - до 300 (72 - в "хиджабе").

Как показывают результаты исследования "Молодежь и ислам", проведенного Госкомиссией по делам религий среди студентов столицы, в настоящее время пятикратный намаз регулярно совершает более 11% студентов, на пятничный намаз ходят уже 25. Коран в переводе читают 29%, а на арабском - 21% студентов, держат "уразу" - 22,6% студентов.
Увеличился поток кыргызской молодежи в страны, где ислам является государственной религией. В целях получения теологического образования за рубежом обучаются 577 граждан, в том числе 37 - в Пакистане, 133 – в Саудовской Аравии и 287 – в Египте. По завершении религиозного обучения за рубежом многие выпускники создают собственные ячейки, в основном, из молодежи, которую обучают нетрадиционным вероучениям. Вместе с тем, в 91 религиозном учебном заведении Кыргызстана обучаются более 4,6 тыс. человек.

Стоит отметить, что практика ношения "хиджаба" получает все более широкое распространение в средних и высших учебных заведениях республики. В 2013 году Министерство образование ввело запрет на его ношение однако под давлением волны негодования мусульманский правозащитных организаций запрет был отменен.
Все чаще республику стали посещать представители различных исламских организаций, стремящихся усилить приверженность граждан исламу. Ими применяются различные методы, преимущественно благотворительные акции. Зарубежные исламские организации, обычно располагающие мощным финансовым ресурсом, не скупятся на строительство школ, детских садов, ремонт дорог. Активную работу по исламизации кыргызского общества проявляет "Всемирная Ассамблея исламской молодежи" (ВАИМ) под руководством С.Баюми, финансирующая строительство различных религиозных объектов. Под эгидой ассамблеи в течение нескольких лет построено более 400 мечетей на юге республики, сегодня продолжается сооружение подобных крупных объектов в Ошской, Джалалабадской и Чуйской областях. Почти 200 тысяч долларов ВАИМ выделил на обустройство второй комнаты для намаза в так называемом "Белом доме", где проходят заседания парламента и аппарата президента.
Поощряя открытую и иррационально стремительную исламизацию общества, власти республики не учитывают, в силу причин финансового характера, потенциальные риски процесса. Руководствуясь стремлением получить инвестиции, кыргызское правительство с невиданным ранее благорасположенностью развивают отношения с арабскими странами. Ряд чиновников, в частности братья А.Жээнбеков (спикер парламента) и Ж.Шарипов (посол в Саудовской Аравии) откровенно лоббируют интересы арабских стран в Кыргызстане.

Помимо прямых инвестиций в сферы туризма и услуг развитие бизнеса на основах исламских принципов финансирования, широкой благотворительной деятельности и различных социальных проектов (строительство школ, детских садов, ремонт дорог) нельзя исключать того, что с притоком вполне законопослушных представителей этих стран в Кыргызстан могут проникать представители религиозных течений с радикальным пониманием ислама.

С начала 1990-х годов в Кыргызстане происходило стремительное увеличение количества легальных и нелегальных частных религиозных школ и медресе, где наряду с арабской графикой преподаются традиционные и не очень мусульманские дисциплины. Многие из этих образовательных учреждений давно превратились в самостоятельные религиозные центры радикального толка, где проводится пропаганда собственных социальных и политических взглядов проповедников, приезжающих из арабских стран, и граждане КСА в ряду этих проповедников занимают далеко не последнее место.
Сегодня в республике действуют 8 экстремистских исламских структур. Одна из них, "Джихадизм" отправляет молодежь в теологические учебные заведения арабских стран, а также пропагандируют идею о необходимости совершения "хижрата", то есть переселения в исламские государства. А активисты "Хизб ут-Тахрир" вовлекают в свои ряды авторитетных лиц, чтобы придать видимость статусности и эффективности своей деятельности. Труд привлеченных к движению женщин и молодежи используется для распространения печатной и аудиовизуальной религиозной продукции.

Не может не настораживать, что в определенной степени исламизация кыргызского общества набирает оборот вследствие пассивной просветительской деятельности официального духовенства, который утрачивает свой авторитет из-за частых скандальных историй, в том числе на сексуальной почве. В этих условиях, молодежь отворачивается от традиционных идеологий и подпадает под влияние "истинных" исламских школ. Более того, к сожалению, кыргызская молодежь стремится выехать в Сирию и другие "горячие точки", дабы помочь "братьям по вере". Это стремление в большинстве случаев имеет печальный конец, ведь, по сути, зарубежные исламские покровители видят в них лишь пушечное мясо на пути к достижению вполне корыстных целей.

К сожалению, темпы прикрывающейся маской сотрудничества исламизации кыргызского общества свидетельствуют, что следующий этап – появление масс радикально настроенной молодежи – не за горами.

Кубатбек Токоев